Количество и состав пигментов отрубей и эндосперма в разных классах пшеницы заметно различаются. Селекционеры редко обращают внимание на пигментацию выводимых новых сортов пшеницы. Содержание каротиноидных пигментов в муке может колебаться от 2,95 до 4,11 частей на миллион, и, как указал в своем сообщении Бэйли Джеддес, использовавший в качестве растворителя водонасыщенный бутанол, их количество зависит от исходной пшеницы.
Различие в содержании каротиноидных пигментов у образцов муки, смолотой из твердозерной красной яровой и твердозерной красной озимой пшениц более очевидно, чем между самими исходными пшеницами. Из трех исследованных классов пшениц наибольшее количество растворимых в бутаноле пигментов содержала пшеница дурум.
При помоле муки по мере выделения чистых крупок из зерна пшеницы удаляются оболочки и зародыши. Получающаяся при этом односортная мука (с выходом около 72%) имеет желтоватый или кремово-белый цвет вследствие преобладания каротиноидных пигментов и фактического отсутствия частиц отрубей и зародыша. Наиболее полное отделение эндосперма от оболочек достигается в муке патент с выходом от 50 до 60%.
Хорошо размолотая мука патент первого сорта имеет яркую чисто желтую окраску (без каких-либо других цветовых оттенков), интенсивность которой может колебаться в зависимости от использованной смеси пшеницы. Красный, голубой или серый фон обусловливается обычно присутствием тонкоизмельченных отрубей, посторонних примесей или поврежденной пшеницы. Любая из этих примесей может придавать муке нежелательный оттенок. Мука более высокого выхода (то есть более низкого сорта), такая как патент второго сорта, клир первого и второго сорта, обнаруживает значительно больше оттенков и тонов благодаря большему или меньшему содержанию измельченных отрубей.
Иногда это может быть вызвано тем, что пшеница была плохо очищена или отмыта и вследствие этого содержала достаточное количество примесей, чтобы повлиять на цвет муки. Недостаточный контроль за подбором партий для смешения или кондиционирования может явиться причиной трудного отделения оболочек и избыточного содержания в муке измельченных отрубей. Повреждение зерна самосогреванием или избыточным увлажнением, как и использование щуплого зерна, может сообщить нежелательную окраску смолотой из него муке.
На хорошо отрегулированной мельнице можно достигнуть высокой степени удаления отрубей, при этом возрастает тусклость муки более низких сортов. Компетенцией мукомола являются регулирование количества отрубей в разных потоках и выбор последних с целью составления конечного сорта независимо от того, будет ли это патент или клир. Непрерывное производство однородно окрашенной, блестящей муки является настоящим критерием мастерства и опыта мукомола.
На окраску муки оказывает влияние также крупность помола. При прочих равных условиях, чем тоньше помол муки, тем более белой и блестящей она получается.