Вредоносным заболеванием С. intybus L. является воротничковая гниль.
Возбудитель — Sclerotinia minor Jagger. Развитие этого заболевания на пестролистном цикории (Castelfranco radisch) наблюдал P. A. Alghisi.
Побурение сердцевины (Blackheart), наблюдаемое у цикория, считают результатом физиологического нарушения. Это явление имеет место как на песчаной, так и на торфяной почве с высоким уровнем плодородия. Внесение гашеной извести или опрыскивание растений хлористым кальцием задерживает развитие этого процесса.
Виды цикория поражаются вирусом мозаики репы. Особенно вредоносно это заболевание для С. endivia L. Устойчивость к BMP обнаружена у С. pumilum, а также у отдельных образцов С. intybus. На устойчивых растениях развиваются хлоротические повреждения на зараженных листьях, а системного передвижения вируса не наблюдается. Авторы предлагают использовать устойчивые сорта С. intybus в межвидовой гибридизации как источник устойчивости к BMP. Наблюдения показывают, что у гибридов С. Intybus X C. endivia устойчивость к BMP доминирует. Например, все растения в F1 от скрещивания сорта Catalogne (С. intybus var. foliosum) с сортом Florida Deep Heart (С. endivia var. latifolium) были устойчивы к BMP. Отмечают, что растения цикория, обладающие устойчивостью к ВТМ, характеризуются специфическим спектром активной катодной изопероксидазы.
С. endivia L. может поражаться видами Alternaria, в том числе — Alternaria porri Ell. Neeg f. sp. cichori. Наблюдается поражение этого вида цикория ржавчиной (Puccinia chichorii Bell.) и листовой гнилью, вызываемой грибом Rhizoctonia solani Kuhn. На растениях в фазе розетки иногда происходит побурение и засыхание краев листьев. Возможно, как и у кочанного салата, это явление физиологического порядка. В опытах с песчаной культурой было отмечено побурение сердцевины у розеток эндивия при недостатке кальция. При двукратном внесении в неделю 0,04 М раствора СаСO2 побурения листьев не наблюдалось.
Так же как и Lactuca sativa L., этот вид цикория поражается ложной мучнистой росой (Bremia lactucae Regel) и склеротинией [Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) d By.]. Известны поражения растений цикория видами грибов, вызывающими серую гниль [Botrytis cinerea (P.) Fr. J, пятнистости листьев — рамуляриоз (Ramularia cichorii Bell), септориоз (Septoria intybi Pass), церкоспориоз (Cercospora cichorii Davis), а также мучнистую росу (Erysiphe cichoracearum DC.), фузариозное и вертициллезное увядания (Verticillium alboatrum Rein, et Berth.), мокрую бактериальную гниль [Erwinia carotovora (Jones) Holt.]. Встречаются поражения вирусами: вирусом огуречной мозаики (Cucumis virus I Sm.), желтой вирусной пятнистостью (Cichorum virus I Kvicala, вирусом кольцевой пятнистости табака (Nicotiana virus 12 Sm.).
Вредителями, поражающими корнеплоды и листья С. intybus L. в процессе выращивания в открытом грунте и при выгонке в теплицах, являются минирующие мухи (Napamysa lateralis Fall и Ophiomia pinguis Fall.).
Повреждение С. intybus минирующей мухой отмечают J. Bernard, L. E. Van’t Sant и др., J. Lounsky.
При борьбе с указанными вредителями эффективно применение рагора.
Однако остатки рагора накапливаются растением, и поэтому такой метод борьбы неприемлем при выгонке.
С. endivia поражается салатной корневой тлей (Pemphigus borsarius L.).
Борьба с ней в основном предупредительная: плодосмен, удаление пораженных растений. Если ожидается нападение тли, рекомендуется проводить обработку почвы перед высадкой растений.