Повреждение грибами в условиях высокой влажности в течение длительного времени может вызвать разрушение тканей и изменение признаков растений, что делает их непригодными для исследования.
Повреждение грибами представляет проблему в очень влажных тропических районах или в прохладных местах на больших высотах, где постоянна туманная погода. Во влажных условиях может помочь расположение гербария на верхних этажах зданий и, если возможно, установка оборудования, снижающего влажность. В прохладных зонах, где часты туманы, полезным может быть поддержание здания закрытым и его отапливание. Считается, что нафталин, парадихлорбензол и ЛПХФ обладают фунгицидными свойствами, если применяются в закрытых помещениях. Довольно эффективным фунгицидом является тимол, использовавшийся для обработки важных исторических документов, однако он токсичен для человека и его применение должно быть весьма ограниченным. Предотвратить рост грибов можно обработкой образцов этиловым спиртом.
До того как любой сухой растительный материал будет внесен в здание гербария, он должен обязательно быть подвергнут обеззараживанию. Этот процесс должен осуществляться по возможности в отдельном здании; его не следует путать с вышеописанными способами профилактики заражения. Наилучшим методом обеззараживания, по-видимому, является глубокое замораживание.
— Фумигация (регулярная фумигация помещений гербария и шкафов) проводится в герметичной камере в течение нескольких часов и используется довольно широко. Поскольку газы ядовиты, фумигация должна проводиться подготовленными лицами.
— Микроволновые печи могут использоваться для обработки небольших количеств материала (например, пачки образцов, принесенных посетителем и нуждающихся в кратковременном изучении). Однако следует отметить, что образцы обязательно должны быть тщательно высушены. Металлические скрепки и скобки могут вызвать обугливание бумаги и образцов и поэтому должны быть убраны. Предлагаемое время обработки при полной мощности: пачки до 5 см толщины — 1 минута, 5—10 см —
1,5 минуты, 10-15 см — 2 минуты. Следует помнить, что не все печи имеют одинаковую мощность; необходимо провести проверку, поместив кубик (0,5 см ) парафина с температурой плавления 58-60° С в середину пачки газет и отметить время, за которое он полностью расплавится. Ни в коем случае нельзя оставлять печь без присмотра, так как пары парафина могут воспламениться. Температура 58-60°С является летальной для большинства насекомых-вредителей. Большинство микроволновых печей не нагревают содержимое равномерно, в особенности плохо прогревая в углах, поэтому остается риск того, что не все вредители будут уничтожены.
Обработка в микроволновых печах может вызвать различные разрушения гербарного материала: сильно уменьшается жизненность семян и спор; могут раскрываться шишки хвойных; плоды, например орехи, могут взрываться; воздействию может подвергаться структура клеток у грибов; могут разрушаться поверхностные восковые налеты; небольшие изменения могут наблюдаться в поверхностной структуре трихомов и, возможно, могут происходить изменения макромолекулярной химической структуры.