Использование отдаленной гибридизации в селекционных программах у плодовых и ягодных культур позволило получить положительные результаты. Новые сорта получили широкое распространение. Особенно эффективно использование отдаленной гибридизации, если оба компонента скрещивания представляют собой хорошо отселектированные сорта. Гибридизацией сортов крупноплодной алычи и сортов китайской сливы созданы наиболее ценные сорта алычи (гибридная алыча), позволившие этой культуре быстро распространяться. Это сорта К. Ф. Костиной: Обильная, Десертная, Оленька; сорта Н. В. Ковалева и А. Л. Татауровой: Фиолетовая десертная, Южная красавица; сорта Крымской опытно-селекционной станции: Кубанская комета, Путешественница, Жемчужина и др. Очень ценны также гибриды вишни с черешней, созданные С. В. Жуковым, Е. Н. Харитоновой (Жуковская, Памяти Вавилова); сорта, выведенные на Орловской плодово-ягодной станции А. Ф. Колесниковой (Тургеневка, Гуртьевка, Ровестница); сорта, выведенные на Украине Н. И. Туровцевым и В. А. Туровцевой (Встреча, Игрушка, Модница, Призвание, Приметная, Шалунья, Элегия).
В. В. Кичина с использованием малины черной создал крупноплодные сорта малины Маросейка, Кержач и др.
Очень ценные результаты получены при использовании сравнительно примитивных сортов, в происхождении которых принимали участие дикие виды. В селекции яблони на зимостойкость важную роль сыграло использование сортов ранеток, полукультурок, китаек, в происхождении которых принимала участие яблоня сибирская ягодная. К их числу относятся известные мичуринские сорта: Пепин шафранный, Бельфлер-китайка, Кандиль-китайка и другие, сибирские сорта: Аленушка, Алтайский голубок, Алтайское десертное, Амурское урожайное, Анис пурпуровый, Горноалтайское, Дальневосточное раннее, Пепинка алтайская, Миндальное красное и др.
При использовании местных полукультурных форм, произошедших от дикорастущих видов, были созданы сорта, заложившие основу региональных сортиментов отдельных культур. Так, сорт смородины черной Приморский чемпион (гибрид европейского сорта Лия плодородная и местного сорта Алданский виноград), произошедшего от смородины дикуши, получил широкое распространение, а на его основе были выведены сорта: Голубка, Приморская сладкая, Минай Шмырев, Стахановка и др.
Г. Т. Казьмин и В. А. Марусич путем гибридизации дальневосточных сортов, произошедших от маньчжурского и сибирского абрикоса с сортами абрикоса обыкновенного, создали крупноплодные зимостойкие сорта абрикоса для Дальнего Востока: Амур, Хабаровский, Академик, Серафим и др.
Известны случаи, когда ценные сорта были получены от гибридизации с дикими видами. У яблони при использовании в селекционных программах сибирки от скрещиваний с сортами яблони домашней получены все зимостойкие сорта: в гибридах F1 — ранетки, в гибридах F2 (от беккроссов с сортами М. domestica) — полукультурки, в последующих поколениях от повторных скрещиваний с сортами яблони — китайки. В результате использования в селекционных программах китаек получен коммерческий сорт — Антоновка обыкновенная (гибрид китайки с Анисом).
Известные сорта вишнеслив получены Н. Гашеным от гибридизации микровишни низкой (вишни Бессея) со сливой китайской уссурийской OF1. Сорта вишнеслив Опата, Сапа и Чересото хорошо известны в северной зоне плодоводства. В этой же зоне распространены сорта груши А. М. Лукашева: Тема, Оля, Лида; П. Г. Шуранова: Шурановка 3, Шурановка 5; И. В. Мичурина: Вере зимняя Мичурина; А. В. Болоняева: Яблоковидная, Повислая и др.
Отдаленная гибридизация эффективна в селекции клоновых подвоев. У яблони все новые клоновые подвои, особенно слаборослые, получены от гибридизации сортов яблони домашней и низкой (Парадизка 8, Парадизка 9). В селекции подвоев для черешни и вишни была широко использована вишня Маака. С ее помощью селекционерами А. Ф. Колесниковой, А. М. Михеевым и другими получены клоновые подвои ВП-1, Церопадус орловский, ВЦ-13, ЛЦ-52 и другие, храктеризующиеся ценными подвойными свойствами и снижающие рост деревьев на 25…30 %. Такая же сила роста у английского подвоя Колт (С. avium х С. pseudocerasus).
Новые районированные и перспективные подвои разной силы роста для персика, сливы и абрикоса также являются отдаленными гибридами. Из зарубежных подвоев для персика известны GF-677, GF-656 (миндаль обыкновенный х персик обыкновенный), для сливы — Марианна (слива Мансона х алыча), Аштара (алыча х алыча х персик). На Крымской опытно-селекционной станции выведены универсальные клоновые подвои для этих культур: Кубань 86 (алыча х персик), Кубань 2 (китайская слива х алыча х нектарин), Находка (слива китайская х алыча), Дружба (микровишня песчаная х абрикос), ВВА-1 (микровишня войлочная х алыча), ВСВ-1 (микровишня седая х микровишня войлочная), Зеленая колонна (слива китайская х слива американская х алыча), Алаб 1 (алыча х абрикос). Все перечисленные подвои имеют достоинства. Например, подвои ВВА-1 и ВСВ-1 снижают рост деревьев на 50…60 %.
В некоторых случаях отдаленные гибриды используют и как семенные подвои, например подвойный сорт персика Спутник (персик гансуанский х персик Давида), выведенный И. М. Шайтаном. Хорошие результаты дало использование в качестве семенных подвоев для персика некоторых отдаленных гибридов миндаля (миндаль обыкновенный х персик удивительный F1 2792 и 1549; миндаль бухарский х миндаль обыкновенный х миндаль обыкновенный F2 5569 и 5586). На Крымской опытно-селекционной станции хорошо себя зарекомендовал как семенной подвой для алычи и персика Подвойный 16 (китайская слива х алыча). А. К. Вельяминов получил семенной подвой для сливы Евразия 43 (китайско-американская слива Лакресцент х терн). В качестве семенных подвоев с успехом можно использовать церападусы и вишнецерападусовые гибриды ВП1, Церападус орловский (Рубин), ВЦ-13.
Использование отдаленных гибридов в селекционных программах зависит от целей и методов работы. Первый подход — донорский, когда отдаленный гибрид используют в качестве донора того или иного селекционно ценного признака.
Второй подход — геномный. Проявление определенного признака связывается с наличием у гибрида одного из родительских геномов. Этот подход часто применяют при селекции на сложные признаки, контролируемые многими генами. Например, с действием генома яблони сибирки, груши уссурийской, вишни Маака, терна связывают зимостойкость сортов яблони сибирского сортимента, производных уссурийской груши, церападусов, тернослив (в том числе поволжских тернов).
Третий подход — селекция отдаленных гибридов, у которых сочетание геномов родительских видов столь гармонично, что делает их достаточно константными, передающими хорошо свой морфологический и биологический тип: слива Кокомилия, слива альпийская, земляника ананасная, черный абрикос, а также гибриды китайской сливы, сливы альпийской с алычой, микровишни низкой с китайской сливой и т. д. В этом случае фактически ведется улучшение уже принципиально нового генотипа, создается новое плодовое растение или новый сортотип — гибридная алыча, вишнеслива, ранетки.