Почвообразование на территории области проходит в суровых климатических условиях. Большую часть года (около 9 месяцев) вся толща почвы, соединяясь с вечной мерзлотой, образует сплошную мерзлую массу.
Близость вечной мерзлоты к поверхности затрудняет нормальный рост и развитие растений, угнетает жизнедеятельность почвенных микроорганизмов, которые играют важную роль в почвообразовании и питании растений.
За короткое лето почвы с поверхности оттаивают на 20—30 сантиметров на севере и северных склонах гор, до 2—3 метров на южных склонах возвышенностей центральных районов области.
Для большинства почв Магаданской области характерна малая мощность почвенного профиля, большая кислотность и бедность органическими и минеральными веществами.
На территории области наиболее распространены тундровые и горнотундровые почвы, а также почвы таежной зоны.
Тундровые почвы очень бедны. Они формируются в условиях предельно сурового климата, почвообразовательный процесс в них идет очень вяло.
Избыток влаги в тундровых почвах ограничивает свободный доступ кислорода. Поэтому перегноя накопляется мало, зато образуется много соединений, главным образом записного железа. Толщина почвенного покрова едва достигает 20—30 сантиметров, а во многих случаях составляет всего 10—15 сантиметров.
На заболоченных местах тундровой зоны формируются торфяно-болотные почвы.
Горнотундровые почвы встречаются на высоких нагорьях, отдельных горах (горные тундры). Перегноя в них нет. Лишайниковая растительность с полуразложившимися остатками лежит непосредственно на крупноблочных и гравийно-щебневых породах.
В пределах лесной зоны распространены преимущественно кислые таежные почвы. Почвообразовательный процесс в этих почвах идет слабо. Цвет их мало отличается от породы, на которой образовались почвы.
Почвы таежной зоны имеют незначительную мощность (даже на террасах и нижних частях склонов всего 30—35 сантиметров) и крайне малое содержание перегноя и легко усвояемых растениями соединений калия и фосфора.
Близ побережья Охотского моря, где климат мягче, больше выпадает осадков и почти отсутствует вечная мерзлота, формируются подзолистые почвы. Они больше развиты, имеют значительную мощность. По многим признакам эти почвы напоминают почвы Кольского полуострова и вообще европейской лесотундры, климатические условия которых сходны с климатом Охотского побережья.
В центральных районах области на горных склонах, обращенных на юг, в нижней части лесного пояса под степной растительностью формируются маломощные горные лугостепные щебнистые почвы. Площадь их невелика.
В поймах рек распространены дерново-луговые аллювиальные почвы. Они составляют основной фонд земледелия. Аллювиальные почвы имеют слоистое строение, почвообразовательный процесс в них проходит активно. Однако эти почвы тоже бедны перегноем, как правило, имеют кислую реакцию, бесструктурны, склонны к заболачиванию.
Почвы Магаданской области нуждаются в минеральных и органических удобрениях и внесении извести для понижения кислотности. Заболоченные почвы требуют осушения.