Такими же путями в обмене веществ грибов образуются и ядовитые соединения.
Если у животных образование ядов представляет собой специализированную функцию одного какого-то органа (железы), то у грибов такие соединения производятся всеми клетками мицелия в плодовом теле.
Один из наиболее известных ядов в грибах — мускарин. Он содержится не только в нескольких видах мухоморов, но также в грибах из других семейств (например, в роде Inocybe — волоконице, в грибах из рода Clitocybe, в Boletus satanas, некоторых розовопластинниках и даже в некоторых сыроежках — Russula emetica). Наиболее насыщены этим ядом Inocybe napipes (3,3—16 мг%), l. patouillardii (0,4— 8мг%) и Clitocybe rivulosa (5—6 мг%). В истинных мухоморах его содержание невелико — 0,1—0,28 мг%. Доза в 50 мг мускарина, вызывающая тяжелое отравление, содержится в 3—4 кг мухомора и только в 40—80 мг волоконицы.
Другой, более опасный, грибной яд — фаллоидин — содержится лишь в некоторых видах рода Amanita, особенно в бледной поганке A. phalloides в количестве 10 мг%. Смертельная доза этого яда 0,1 мг на 1кг веса или 20 мг для взрослого человека.
Мускарин по химическому строению представляет триметиламмоний хлоридную соль 2-метил-3-окси-5-аминометилтетрагидрофурана.
Фаллоидин имеет сложное строение кольцевого пептида. Его структура включает аминокислоты — цистеин, оксипролин, треонин, 7, 6-диоксилейцин, аланин, а-окситриптофан: Фаллоидина.