Очень важно учитывать пространственное взаимодействие организмов и разлагаемых ими субстратов. На концептуальной схеме показаны корень, его кора и корневые волоски, зона ризосферы и сама почва.
В биоте выделяют последовательность первичных разрушающих организмов и представителей фауны, которая питается за их счет в ризосфере и основной массе почвы. По мере роста корня он теряет часть наружных покровов, и этот материал активно поглощается и минерализуется активной ризосферной микрофлорой и фауной. Наконец, происходит поглощение питательных веществ корнем и связанными с ним грибными симбионтами (микоризой).
Анализ невероятного разнообразия организмов, разрушающих эти субстраты, показал, что нет какой-то простой последовательности организмов, разрушающих очень простые лабильные вещества, вместо этого существует последовательность фаз колонизации, использования, заселения и постинвазии, обеспечивающих разложение таких более устойчивых материалов, как листовой опад, сушняк или пни.
Качественное и количественное разнообразие организмов, колонизирующих разрушаемые материалы, обусловлено, в частности, случайным характером этого процесса, что учитывается не в полной мере. Случайный элемент колонизации и сукцессии микрофлоры и фауны был изучен Фагером, который использовал искусственные бревна как модели разрушения в условиях леса. Фагер использовал четыре типа таких «бревен»: 1) плотно набитые дубовыми опилками; 2) плотно набитые дубовыми опилками и кусками тростника, имитирующими ходы сверлильщиков; 3) набитые дубовыми опилками с примесью костной муки и кукурузной или пшеничной муки (чтобы увеличить содержание питательных веществ) и 4) те же, что и 3, но с трубками из тростника. Такие искусственные бревна оставляли в лесу на 10—16 месяцев» после чего анализировали состав крупных и мелких артроподов. При значительном разнообразии доминантных видов все популяции имели сходное строение: два вида составляли 50 % особей, еще 25 % составляли другие три вида, 24 вида были представлены 2—74 экземплярами и 12 видов — единичными экземплярами. Такая структура популяции точно соответствует математической модели, предполагающей, что частота встречаемости представителей разрушающей фауны является мерой вероятности заселения бревна каждым видом и что заселение и адаптация действительно являются случайными процессами. Такие же процессы, несомненно, протекают в агроэкосистемах.