Вместе с кусочками древесины и почвы, которые заглатывают термиты, в их кишечник попадает большое количество разнообразных бактерий.
На четырех видах обитающих в почве термитов Э. А. Орлова показала, что и природной обстановке их кишечник содержит 106—107 клеток бактерий. Подсчеты Н. А. Красильникова и Ш. А. Сатдыкова (1969, 1970) дали цифры такого же порядка для двух видов термитов Anacanthotermes. По видовому составу эта микрофлора почти не отличается от почвенной.
В пищеварительном канале термитов часть бактерий погибает и лизируется ферментами. Так, при содержании термитов R. lucifugus в лаборатории на стерильной фильтровальной бумаге представители родов Streptococcus и Mycobacterium полностью исчезают из кишечника через 7 дней, а численность бактерий из родов Micrococcus, Bacterium и Bacillus значительно сокращается. В первую очередь в кишечнике погибают аэробные формы, которые вносят в организм термитов азотистые вещества. и витамины.
Многие анаэробные бактерии могут длительно сохраняться и размножаться в заднем отделе кишечника низших термитов. Здесь постоянно присутствуют целлюлозолитические Bacillus cellulosae Omeljansky, фиксирующие молекулярный азот Clostridium pasterianum, пропионовые бактерии и ряд других групп. При этом резко преобладают грамотрицательные формы.
Гибель прамположительных бактерий в кишечнике термитов в значительной степени обусловлена присутствием в нем лизоцима. Активность этого антимикробного агента находится в прямой зависимости от количества бактерий, попадающих в кишечник. Максимальное количество лизоцима обнаружено в средней кишке, а в задней он полностью отсутствует. Вместе с другими ферментами лизоцим представляет собой барьер, защищающий организм термитов от попадания патогенных микроорганизмов.
У Microcerotermes edentatus и некоторых других высших термитов бактерии занимают определенный участок задней кишки, называемый бродильной камерой, скапливаясь большими плотными массами в складках эпителия. Там постоянно присутствует монокультура неустановленного пока вида бактерий. Бактерии свободно плавают и в содержимом задней кишки высших термитов. Видовой состав их изучен еще недостаточно, но в ряде случаев из кишечника были выделены целлюлозолитические бактерии. По культуральным и физиологическим признакам они близки к бактериям рубца жвачных, и поэтому предполагается, что и в кишечнике высших термитов они проводят гидролиз целлюлозы до летучих жирных кислот, углекислого газа, водорода и воды. Это мнение подкрепляется отсутствием в кишечнике высших термитов жгутиконосцев-ксилофагов, однако количественно этот процесс пока никем не исследован.