Систематика бактерий и их классификация относятся к самым трудным и мало разработанным вопросам.
Эти трудности обусловлены величиной и особенностями строения бактериальных организмов, отсутствием у них настоящего ядра и связанного с ним полового процесса, а также недостаточной изученностью их морфологии и особенно физиологии и биохимии. Все эти обстоятельства привели к тому, что в разное время предлагались различные системы этих организмов и в настоящее время таких систем имеется очень много как у нас, так и за рубежом.
Существующие системы бактерий более или менее условны, не отражают всей сложности развития этих организмов и все бактериальные формы разными авторами делятся на разное количество систематических категорий, а сами систематические единицы — различного объема. В одних случаях все эти организмы объединяют в один класс — класс Schizcmycetes (например, система Д. Берджи, 1948), в других — бактерии подразделяются на несколько классов (система Н. А. Красильникова, 1949). Класс бактерий делится на порядки, которые в свою очередь делятся на семейства, роды и виды, являющиеся основной единицей филогенетической классификации. При этом если классификация видов высших растений покоится на сходстве и различии морфологических признаков и экологических условий, то понятия о виде у бактерий и их классификаиия имеют другую основу.
При классификации бактерий используются морфологические признаки, как, например, форма, подвижность, спорообразование, окрашивание по Граму и некоторые другие. Однако морфологические признаки здесь такой роли не играют, так как разнообразие формы в этом случае невелико и при одинаковых внешних признаках бактерии могут проявлять себя по-разному. Большое значение имеют культуральные признаки — характер роста на жидких питательных средах и на агаре, характер колоний, а также способность к разжижению желатины при посеве уколом. Ведущее значение имеет характер тех физиологических и биохимических изменений, которые являются следствием поселения и воздействия на субстрат бактерий. Из физиологических признаков используются: отношение бактерий к молекулярному кислороду, к различным источникам азота и углерода, а также характер продуктов обмена, накапливающихся в субстрате. Важный дополнительный признак для определения фитопатогенных бактерий — их специфичность в отношении поражения определенных видов растений, а также способность вызывать определенные поражения и ареал как растения-хозяина, так и возбудителя.