Сушка зерна при соблюдении необходимых режимов влажности и температуры не только не ухудшает хлебопекарные качества зерна, но даже способствует их улучшению. При неправильной же сушке зерно может быть полностью испорчено. Вообще отказаться от использования сушки зерна практически невозможно, так как погодные условия очень часто способствуют тому, что в основном собранное зерно имеет повышенную влажность. Закладка такого зерна на хранение приведет к его быстрой порче. Поэтому необходимо уделить особое внимание соблюдению режимов сушки зерна.
В результате неправильной сушки зерна могут увеличиваться в размере (раздутые зерна), у них появляются потемневшие оболочки, при этом цвет ядра — постоянный. Такое зерно можно отнести к основному. Если же окраска не только оболочек, но и ядер становится другой, то такое зерно (поджаренное) относят к зерновой примеси. Качество его понижено, цвет эндосперма меняется — от кремового до светло-коричневого. В случае появления у эндосперма коричневого или черного цвета, зерно считается полностью испорченным (обуглившимся). Его относят к сорной примеси. Обуглившееся зерно может быть использовано лишь в небольших объемах в спиртовом производстве, в основном же только на технические цели.
Зерно, поврежденное сушкой, имеет низкие хлебопекарные достоинства. Уменьшение клейковины и снижение ее качества происходят в результате денатурации белков зерна и инактивации протеолитических ферментов. При этом пшеничный хлеб теряет в объеме, мякиш — с плохо развитой пористостью, корка — бледного цвета.
В результате сушки зерна в нем могут появиться канцерогенные вещества. Этому способствует контакт зерна с продуктами сгорания топлива. Зерно, имея капиллярную структуру и высокую сорбционную способность, может впитывать вредные вещества. Наиболее опасен длительный контакт зерна с продуктами сгорания при относительно низких температурах.