Среднее весовое содержание марганца в земной коре около 0,1 %, т. е. в 50 раз меньше, чем железа; оно увеличивается от кислых (6∙10-2%) к основным (2,2∙10-1%) породам. Из осадочных пород больше всего обогащены марганцем глинистые сланцы. В морской воде его очень мало (4∙10-7%).
Значительное количество марганца содержится в океанических осадках в виде корок и конкреций. В периодической системе химических элементов марганец находится рядом с железом и поэтому многие геохимические особенности этих элементов сходны. Особенно ярко это проявляется в процессах эндогенного минералообразования, при которых марганец входит в состав минералов в двухвалентной форме, изоморфно замещая железо, магний и кальций в алюмосиликатах. В эндогенных условиях марганец почти не накапливается и в основном находится в состоянии рассеяния. В пегматитах и гидротермальных месторождениях марганец отмечается в колумбитах, вольфрамитах, титанониобатах, родоните, родохрозите, манганокальцитах. В небольших количествах марганец устанавливается в скарновых месторождениях в виде гаусманита, манганита, якобсита и галаксита. В экзогенных условиях происходит накопление значительных концентраций четырехвалентиого марганца. Под воздействием угольной кислоты и воды марганецсодержащие минералы разлагаются с образованием растворимого и довольно устойчивого соединения Mn(HCO3)2. Существуют и другие формы переноса марганца в виде коллоидных растворов окисных соединений, в форме взвеси тончайшего обломочного материала.
Общее число марганцевых минералов, встречающихся в природе, превышает 150. Однако широко распространенных и содержащих повышенное количество марганца минералов немного (Mn в %): пиролюзит MnO2 (55—63), браунит Mn2O3 (60—69), гаусманит Mn3O4 (65—72), манганит Mn2O3∙H2O (50—62), вернадит MnO2 ∙ n H2O (40—45), псиломеланы (вады) mRO ∙ MnO3 ∙ nH2O (35—60), родохрозит MnCO3 (40—45), манганокальцит (Ca, Mn)CO3 (7—25), олигонит (манганосидерит) (Mn, Fe)CO3 (23—32), родонит MnSiO3 (32—36), бустомит (Mn, Ca)SiO3 (12—20), тефроит Mn2SiO4 (23—32) и др.
RO — это MnO, BaO, CaO, NiO, СоО, MgO, K2O и др., обычно преобладает MnO.