Как и у птиц, многие фенетические исследования рептилий связаны с изучением покровов и их производных.
Поскольку характер морфологической изменчивости у ящериц и змей сходен, достаточно остановиться на описании дискретных признаков у прыткой ящерицы, послужившей объектом для специального фенетического изучения.
У прыткой ящерицы выделение фенов покровов и их производных идет по двум направлениям: выделение фенов расположения чешуй (фолидоза) и выделение фенов цвета и рисунка покровов. Дискретные вариации фолидоза могут быть выделены по числу бедренных пор, числу поперечных рядов брюшных щитков, расположению преанальных щитков, числу и расположению задненосовых и других щитков на голове, числу (и наличию) «ресничных зернышек» — мелких округлых чешуек между верхнересничными и надглазничными щитками и т. п. Установлено, что дискретные вариации этих признаков своей частотой характеризуют разные популяции вида. Например, наличие одного задненосового щитка характерно для западных, а двух и более — для восточных популяций прыткой ящерицы, для популяции из Западной Грузии типично отсутствие у 60% ее членов скуловых щитков и т. п. Всего, с учетом редких и редчайших мелких вариаций, в фолидозе прыткой ящерицы выделяется около 450 дискретных вариаций.
Рисунок окраски прыткой ящерицы включает следующие элементы: центральная и боковые полосы спины, пятна спины между полосами, ряды глазков по бокам тела, рисунок головы, пятна на брюшных щитках, рисунок конечностей. В общем рисунке спины было выделено 27 фенов, проверенных на отсутствие возрастной и сезонной изменчивости. В их числе 6 фенов светлых боковых полос, 13 — центральной полосы и 8 — по характеру пятнистости спины. Рисунок на брюшных щитках отражает возрастную (пятна появляются только после первой зимовки) и половую изменчивость (пятнистость редка и слабо выражена у самок и более характерна для самцов). Вариации этого признака не пригодны для характеристики межпопуляционных различий, но могут использоваться для выявления внутрипопуляцинной структуры.