Из вирусных болезней наибольшее экономическое значение имеет мозаика.
Зараженные мозаикой растения остаются низкорослыми, листья у них более мелкие, сморщенные или скрученные и испещрены нечетко очерченными, бледно-зелеными до хлоротичных пятнами. Молодые растения сильно курчавятся и преждевременно отмирают. Это значительно снижает урожаи сена и семян.
Возбудитель болезни — вирус мозаики люцерны Medicago virus 2, который переносится многими видами листовых тлей, но в основном Aphis medicaginis и A. fabae. Передается также и с семенами.
Эффективных мер борьбы с вирусными болезнями нет, рекомендуется лишь получать семена со здоровых посевов люцерны и проводить регулярную борьбу с тлями.
Корневая гниль люцерны. Болезнь приводит к постепенному изреживанию посевов после третьего, а иногда и после второго года пользования.
Возбудителями корневой гнили могут быть бактерии и грибы. Из бактерий первостепенное значение имеет Corynebacterium insidiosum, а из грибов — Verticillium nlboatrum, Fusarium и др., а иногда Rhizoctonia violaceae, Rhizoctonia solani, Sclerotica ssp. и др.
Бактериальная корневая гниль и гниль, вызванная грибами рода Vertieillium и Fusarium, имеют схожие признаки, которые характеризуются следующим: затлевшие растения отстают в росте, что наиболее заметно при отрастании после скашивания. Листья мелкие, хлоротичиые. В сухую и теплую погоду они теряют тургор, увядают, а впоследствии засыхают. Сначала увядают и засыхают отдельные стебли, а затем и все растение. Болезнь лучше всего можно определить на поперечном срезе корней. Здоровые корни — белые, больные — желтые, коричневые и даже черные. В начальные фазы болезни потемнение бывает в виде отдельных темных точек и черточек. Позже темный цвет выражен в виде полукруга и целого кольца. При сильном развитии болезни весь корень загнивает и приобретает темно-коричневую до черной окраску. Заболевшие растения начинают выпадать, а пустые места занимают сорняки.
Борьба с патогенами — возбудителями болезней, поражающими корневую систему, сильно затруднена вследствие специфической их биологии (почвенные патогены).
Для предупреждения их вредоносного влияния следует формировать более сильные посевы с помощью внесения в запас фосфорных и калийных удобрений в оптимальных дозах перед посевом с помощью поддержания оптимальной влажности без избыточного увлажнения или пересыхания и посредством уничтожения сорняков и вредителей — переносчиков болезней. Не скашивать люцерну в дождливую или пыльную погоду, так как через срезы на стеблях могут проникать возбудители болезней.
Создание устойчивых сортов — основной метод борьбы с болезнями корневой системы люцерны. Из испытанных в Болгарии сортов (Блажев, 1974) устойчивыми к бактериальной корневой гнили оказались Вернал и Ренжер, а к вертициллезному увяданию — Вертус, Вертибенда и др. Усиленно проводится работа по созданию сортов, устойчивых к фузариозу. Венгерские селекционеры создали сорт Фурез (Маннингер, 1978), который, помимо других качеств, обладает и хорошей устойчивостью к фузариозной гнили корней. Использование этих сортов в Болгарии (главным образом в селекции для выведения болгарских сортов) поможет снизить ущерб, который каждый год причиняют болезни корневой системы люцерны.