Клевер и люцерна поражаются болезнями в течение всей вегетации. Наиболее вредоносны для клевера рак, поражающий всходы, антракноз, ржавчина, фузариозы и повилики, развивающиеся преимущественно на взрослых растениях.
Для люцерны наибольшую опасность представляют некоторые болезни взрослых растений: бурая пятнистость, ржавчина, мучнистая роса, повилика.