Закрепление наследственной основы желательного типа помесей разведением «в себе» и инбридингом.
На втором этапе, когда животные желательного типа уже есть, ставятся такие задачи (во многом противоположные задачам первого этапа): сохранить желательный тип помесей, сузить размах изменчивости, создать у животных более устойчивую наследственность.
Достигается это в первую очередь переходом к разведению помесей «в себе». Помесей желательного типа на втором этапе спаривают преимущественно с помесями того же происхождения и того же типа. Хотя это спаривание я представляет собой скрещивание, но в данном случае гомогенный (однородный) подбор явно преобладает над гетерогенным (разнородным).
Изолированнее ведение каждой линии характерно и для второго этапа воспроизводительного скрещивания. Родственное спаривание и даже самые тесные его степени применяются очень часто. Случаи, когда тесные инбридинги на втором этапе не употребляются при воспроизводительном скрещивании, столь редки, что их можно считать исключением. Недаром М. Ф. Иванов писал, что в его методике выведения новых пород тесный инбридинг — одно из главных средств достижения цели.
Необходимость в тесных родственных спариваниях на втором этапе воспроизводительного скрещивания вызывается прежде всего редкостью помесных животных желательного типа и тем, что эти животные, как правило, состоят друг с другом в родстве. Из-за нейтрализации вредных последствий инбридинга повышенной жизненностью помесей при воспроизводительном скрещивании допускаются значительно более тесные степени инбридинга, чем при разведении чистопородных животных. Здесь часто бывает выгоднее пойти даже на некоторое ослабление конституции, но удержать желательный тип помесных животных.
Родственное спаривание на втором этапе полезно и потому, что оно повышает наследственную устойчивость помесей. А порода становится породой лишь тогда, когда животные определенной группы не только обладают характерными качествами, но и приобретают способность достаточно устойчиво передавать эти качества по наследству.
И при воспроизводительном скрещивании тесный инбридинг оправдывает себя лишь тогда, когда применяется на выдающихся животных достаточно крепкой конституции, через лучших потомков этих животных и сопровождается очень строгой браковкой. Там, где есть возможность уменьшить тесноту инбридинга, этой возможностью стараются воспользоваться. Для этого в работу с линией включают не одного, а нескольких производителей. Производителей, полученных в одном семействе, используют, как правило, на матках другого семейства. Этим приемом, разработанным Л. К. Гребнем, удается несколько уменьшить тесноту родственных спариваний.
Поглощение наследственности помесей нежелательного типа спариванием в ряде поколений с помесями желательного типа и с представителями исходных пород. Если замечают, что помеси начинают отклоняться в нежелательную сторону, чтобы избежать этого у потомства, их спаривают с помесями желательного типа или даже с животными исходных пород. По П. Н. Кулешову, в оксфордаунской породе, полученной скрещиванием овец гемпширской и котсвольдской пород, животных, отклоняющихся в сторону котсвольдов, скрещивали с гемпширами, а отклоняющихся в сторону гемпширов — с котсвольдами. Чтобы устранить у помесей нежелательные отклонения, иногда спаривают этих животных с производителями родственной породы. При выведении немецких мясо-шерстных овец (прекос) в числе нескольких методов применялся и такой: местных овец типа рамбулье скрещивали с баранами лейстерской (английской мясной) породы, а полученных помесей — с французскими прекосами. Французские прекосы получены также от скрещивания французских рамбулье с овцами лейстерской породы. Они того же типа, что и помеси между немецкими рамбулье и лейстерами, но, как порода, созданная ранее, обладали большей наследственной устойчивостью.
Заслуживает упоминания распространенный метод устранения нежелательных отклонений, разработанный Г. Р. Литовченко и некоторыми другими советскими зоотехниками при выведении алтайской, куйбышевской и других пород тонкорунных овец. Заключается этот метод в том, что помесей с нежелательными отклонениями, представляющих определенную ценность, спаривают в ряде поколений с помесями от того же скрещивания, но обладающими желательным типом. Это приводит к поглощению желательным типом нежелательного.
На втором этапе работы, хотя уже и получаются животные новой породы, но самой породы еще нет: образованная скрещиванием группа животных на этом этапе еще не достигает целостности. Каждая из линий существует изолированно, сама по себе, не имея связей с другими линиями. Каждой из линий серьезно угрожает вырождение от слишком большой концентрации проводимых в ряде поколений родственных спариваний. Характерна и недостаточная для настоящей породы численность животных.