Хорошо подсушенные орехи могут выдерживать весьма продолжительные сроки хранения (до года и выше).
Тем не менее при хранении орехов для предохранения их от порчи (прогоркания, затхлости, поражения плесенью) необходимо соблюдать основные правила хранения. Следует учитывать, что плоды в целом подвержены поражению микрофлорой, жир, находящийся в ядре ореха, способен «прогоркать», белки подвержены порче, разложению, ядро при этом получает крайне неприятный привкус, а иногда становится совершенно непригодным для дальнейшего использования. При поражении микроорганизмами в буковых орехах, помимо алкалоида фагина, могут образоваться другие вещества, оказывающие ядовитое действие на организм человека.
Хранить орехи нужно в чистой таре, помещенной не на пол, а на подтоварники или бревна. Мешки с орехом можно укладывать в штабели. К хранению следует допускать только вполне доброкачественные, хорошо высушенные орехи. Орехи поврежденные, с заболеваниями следует отделить от здоровых; точно так же необходимо отделить орехи более влажные и дополнительно их просушить.
Помещение для хранения орехов должно быть сухим и содержаться в чистоте. Хранить орехи следует при постоянной пониженной температуре и, что особенно важно, при пониженной относительной влажности воздуха. Относительная влажность при хранении буковых орехов не должно превышать 60—65%. При повышенной относительной влажности буковые орехи увлажняются.
Повышенная влажность создает благоприятные условия для развития микроорганизмов, что может повести к порче буковых орехов. При появлении вредителей и затхлости у орехов рекомендуется провести окуривание в помещении (сжиганием серы); при пониженной относительной влажности воздуха орехи следует перелопатить.