Из тканей эндодермального происхождения, формирующих средний отдел кишечника, наиболее характерным изменениям подвергаются клетки кишечного эпителия, которые являются местом, репродукции всех представителей родов Smithiavirus и Birdiavirus.
При цитоплазматических полиэдрозах чешуекрылых насекомых диаметр среднего отдела кишечной трубки увеличивается в 2—3 раза. Кольцевые и продольные мышечные волокна истончаются за счет значительного растяжения. Кишечник с поверхности приобретает розоватый оттенок. Цитоплазма эпителиальных клеток переполняется вирусными включениями. Ядро при этом остается интактным и лишь в некоторых случаях, испытывая давление включений, деформируется и даже разрушается, смешиваясь с содержимым цитоплазмы. Подобные гистологические изменения затрачивают только цилиндрические клетки кишечного эпителия, бокаловидные клетки и регенерационные гнезда остаются интактными. Ядра эпителиальных клеток кишечника подвергаются, кроме того, специфическим изменениям при полиэдрозах кишечного типа и некоторых гранулезах. У ложногусениц пилильщиков гипертрофируется большая часть ядер, и частично они разрушаются. Подобная патология наблюдается как у бокаловидных, так и у цилиндрических эпителиальных клеток. Группы мелких клеток из регенерационных гнезд не претерпевают видимых изменений.
У всех видов насекомых, чувствительных к представителям рода Birdiavirus, при малом увеличении микроскопа видна крапчатость кишечника, обусловленная увеличенными ядрами эпителиальных клеток. При этом у личинок некоторых видов пилильщиков, например у тополевого волосатого, ядра эпителия нередко соприкасаются друг с другом, в то время как у сосновых пилильщиков между ними всегда остается пространство 15—20 мк. На ультратонких срезах через эпителиальные клетки среднего отдела кишечника личинок пилильщиков, больных полиэдрозом, можно видеть массу вирусных включений, расположенных по всему ядру. Ядро гипертрофировано, но сохраняет целостность. Изменения органоидов носят неспецифический характер и близки к изменениям, которые наблюдаются при патологии невирусной природы.
Эпителиальные клетки тонкого кишечника при гранулезах характеризуются гипертрофией. В ядрах формируется характерная хроматиновая сеть, идентичная обнаруженной в ядрах жирового тела.
Мальпигиевы сосуды у насекомых, пораженных различными вирусными заболеваниями, обычно не меняют присущей им в норме структуры. Слой крупных клеток, выстилающих базальную мембрану, сохраняет морфологическую целостность. Поражению, связанному с локализацией вирусных включений, подвергаются клетки в основании сосудов при ядерных полиэдрозах и гранулезах у некоторых видов насекомых, в частности у яблонной плодожорки. Из числа изменений, присущих всем типам вирозов, следует указать на отсутствие в просветах мальпигиевых сосудов экскреторных гранул, что обусловлено общим нарушением выделительных функций в острой фазе заболевания.