Лагуна представляет собой относительно замкнутую рифовым кольцом — римом (от англ. rim) — или отделенную барьерным рифом акваторию.
Центральная часть лагуны наиболее глубокая, причем существует тенденция к уменьшению глубины лагуны с уменьшением диаметра атолла.
ВНУТРНЛАГУННЫЕ РИФЫ обычно представляют собой изолированные постройки, часто приуроченные к участкам выхода скальных известняков, возвышающиеся над дном в виде холмов и гряд, покрытых кораллами и известковыми водорослями. Как правило, они образованы быстрорастущими колониями кораллов родов Acropora, Stylophora, Pontes и др. Ветвистые формы колоний по сравнению с представителями тех же родов, обитающих за пределами лагуны, обладают более тонкими, легко обламывающимися ветвями. Пространство между отмершими ветвями быстро заполняется моллюсками, иглокожими, полихетами, а поверхность колоний обрастает корками известковых водорослей. Ниши, каверны и каналы служат убежищем многочисленным стаям рыб. Морфологическими разновидностями внутрилагунных рифов являются патч-рифы, коралловые пики (knolls) и холмы, грядовые рифы.
ПОЛЯ МАКРОФРИТОВ, для общего обозначения которых на рифах Б. В. Преображенским предложено название «талассо-сегетий» (по аналогии с сегетиевыми полями Приморского края), представлены в лагуне зарослями морских трав Thalassiodendron ciliatum, Thalassia hemphrchii, Cymodocea rotundata, скрепляющих корневищами рыхлый обломочный материал в своеобразный мат. сцементированный известковыми водорослями. Поля макрофитов могут располагаться чередующимися полосами, параллельными внешнему краю рифа, образуя «систему радиальных травяных и песчаных полос», или занимают площади, имеющие в плане неправильную форму, — «бесструктурный сегетий». Известно, что важнейшими факторами, обусловливающими распределение макрофитов в лагуне, являются гидродинамический режим, наличие подходящего субстрата и конкуренция за него с кораллами, а также пресс растительноядных рыб. Упорядоченное расположение полей макрофитов. возможно, отражает особенности гидродинамического режима, поскольку усиленное до определенных пределов движение воды затрудняет существование растительноядных рыб, но способствует повышению ассимиляции у растений.
АККУМУЛЯТИВНЫЕ СКЛОНЫ И РАВНИНЫ лагун обычно покрыты толщей биогенно-обломочных кораллово-водорослевых осадков. Максимальной интенсивностью аккумуляции характеризуется примыкающий к лагуне внутренний склон рифа, где могут формироваться специфические аккумулятивные формы — лагунный вал, дюны и т. д. На преобладающих площадях собственно дна лагуны рельеф аккумулятивный выровненный, микрорельеф сформирован деятельностью организмов псаммофильной инфауны. В рыхлых осадках и на их поверхности обитает масса полихет (Heteroptera, Sabellidae) и моллюсков (гастроподы Strombus, Terebra, Comis, Oliva, Morula, Murex; двустворки Donax, Fragum, Pina, Modiolus), а также разнообразный мейобентос, где наиболее многочисленны фораминиферы и остракоды. Обильное население придает грунтам склонов и равнин высокую трофическую ценность как для постоянных обитателей, так и для рыб, приходящих в лагуны во время суточных и сезонных миграций. Например, хорошо заметные округлые углубления в песке — следы жизнедеятельности бентоядных рыб — дали название одному из типов лагунных фаций — «скатовые поля».
Риф-флет — следующая за лагуной зона рифа. Здесь выделяются следующие типы фаций.
ВОДОРОСЛЕВЫЙ ВАЛ — наиболее специфичная для риф-флета фация, характеризующаяся преимущественным развитием известковых водорослей и простирающаяся вдоль внешнего края риф-флета в зоне интенсивного ветроволнового воздействия. В отличие от многих других районов Мирового океана водорослевые валы Сейшельских рифов не всегда хорошо выражены даже на наветренной стороне. Их максимальная высота около 0,5 м. Известковые водоросли, обеспечивающие здесь почти полное проективное покрытие, относятся к следующим видам: Amfiroa foliacea, Jania adhaerus, Lithophyllum moluscens, Fosliella farinosa. Гидродинамические условия волнолома, периодическое осыхание, максимум света и дневной перегрев воды, подходящие, для активного роста известковых водорослей, очевидно, малопригодны для большинства других организмов рифа и особенно кораллов, которые здесь малочисленны и представлены небольшими колониями Pontes и инкрустирующими формами Montipora и Cyphastrea.
КОРАЛЛОВЫЕ ФАЦИИ риф-флета довольно часто приурочены к участкам рампарта, простирающимся вблизи внешнего края рифа. Кораллы активно растут на отдельных известковых останцах с выровненными вершинами. В понижениях и западинах встречаются крупные колонии акропорид и поритид. Внешняя часть риф-флета обычно покрыта одиночными массивными колониями и корками кораллов родов Acropora, Pocillopora, Favia, Leptoria. Для подветренных рифов можно отметить значительное количество миллепорид. активно растущих в зоне, соответствующей водорослевому валу наветренных рифов.
ЗАРОСЛИ МАКРОФИТОВ наиболее часто локализованы в центральной части риф-флета, где расположены участки карбонатного песка с примесью ила и мелкого гравия Биогенная аккумуляция приводит к тому, что участки, покрытые водорослями, имеют повышенную по сравнению с другими поверхностями рифа мощность осадков, выраженную в рельефе в виде небольшой ступени по краям зарослей. В зарослях попадаются редкие колонии кораллов Pavona, Psammocora, Stylophora, размеры которых в среднем не превышают 10-15 см. Более крупные колонии встречаются в понижениях и на участках с разреженным растительным покровом.
Нельзя не отметить многочисленные черты сходства между зарослями морских трав на риф-флете и в лагуне. В отсутствие резких градиентов среды заросли морских трав через западины и каналы, дренирующие риф-флет, простираются на внутренний склон рифа и без четких границ переходят в лагуну.
ЗАПАДИНЫ И КАНАЛЫ риф-флета заполнены песками разной степени сортированное™ с примесями более крупного обломочного материала и ила. Западины имеют глубину до 1,5 м и в плане разнообразны по форме и величине. Каналы, пересекающие риф-флет в перпендикулярном внешнему краю направлении, соединяют его с внутренним склоном рифа. Песчано-илистые осадки и отдельные обломки известняка покрыты фитобентосом, среди которого преобладают проростки красных, зеленых и, реже, бурых водорослей. Поверхность дна изрыта организмами инфауны. На обломках известняка и под ними многочисленны гастроподы Littorina, Conns, Monetaria, Cyprea, Lambis. Обильны и разнообразны другие псаммофильные организмы — креветки, крабы, звезды, офиуры. голотурии.
На внешнем склоне рифа выделяются следующие типы фаций.
ЗАРОСЛИ МОРСКИХ ТРАВ простираются в верхней части внешнего склона, на участках с незначительным (около 5°) уклоном дна и выровненной аккумулятивной поверхностью с западинами глубиной 0,5-1,5 м, образуя «предрифовые травяные поля» Интенсивность гидродинамического воздействия волн на таких участках максимальна для всего рифа. Высшие растения, образующие сплошной ковровый покров, формируют ландшафтные поля, отнесенные нами, по аналогии с травяными равнинами умеренных вод Японского моря, к разновидностям сегетия.
Обломочный материал размерностью от гравия до крупной гальки, иногда собранный в пологие валы, скреплен корнями талассодендрона в прочный мат толщиной до 1,5 м. Стебли и корневища трав часто обрастают известковой водорослью Dermatolithon или гидроидом Millepora. При этом в изобилии образуются своеобразные трубчатые колонии, которые, вероятно, доставили бы массу хлопот палеонтологам. На отдельных обломках доминируют известковые водоросли родов Lithophyllum и Hydrolithon. Крупные обломки кораллов обрастают мягкими водорослями родов Ceramium, Centroceras, имеющими талломы не более 2-3 см в высоту.
Мористый и береговой края обломочного мата, скрепленного корнями, часто обрываются в виде уступа. Таким же уступом мат обрывается в западины, где обычно обнажается поверхность риф-рока, иногда перекрытая маломощными песками.
Общее проективное покрытие кораллами можно оценить как редкое. Непосредственно в зарослях рифостроящие кораллы единичны, обычно это мелкие колонии Pocillopora и более массивные Pontes.
ОТРОГИ, ГРЯДЫ, ОСТАНЦЫ, покрытые кораллами и известковыми водорослями, — наиболее специфическая черта морфологии внешнего склона рифа. Генезис отрогов и ложбин, последовательные стадии их развития и роль в формировании Сейшельских рифов подробно исследовал В. Н. Космынин. Массивный рифовый известняк, слагающий отроги и гряды, покрыт зарослями кораллов и известковыми водорослями. Среди последних по проективному покрытию преобладают корковые формы. Проективное покрытие кораллами составляет в среднем около 20%, кораллы образуют либо ветвистые заросли, либо обширные листовые поверхности. Иногда на малых глубинах поверхности гряд густо покрыты толстоветвистыми колониями Acropora palifera, ветви которой направлены по линии перемещения волн, создавая устойчивую к разрушению волногасящую решетку. Велико здесь и видовое разнообразие кораллов, среди которых доминируют ветвистые и листовидные формы родов Acropora, Pontes, Pocillopora, Echinopora.
Большинство беспозвоночных, обитающих на грядах и останцах, способны прочно прикрепляться к субстрату и представляют фауну, ассоциированную с кораллами. Многие их этих организмов обитают в глубине колоний, а некоторые, такие как сверлящие губки и отдельные виды гастропод, проделывают глубокие ходы в живых кораллах, снижая их устойчивость к гидродинамическим нагрузкам.
Вниз по склону массивные жизненные формы кораллов постепенно сменяются бентальными формами небольших размеров; с глубиной быстро убывает количество альционариевых мягких кораллов и одновременно возрастает количество горгонарий, проективное покрытие которыми, однако, не более чем редкое. Наиболее распространенные фации отрогов и гряд Сейшельский рифов по ландшафтной классификации Б. В. Преображенского могут быть отнесены к следующим основным типам — элат, топия, патия, сквамигер.
ЛОЖБИНЫ И КАНАЛЫ характеризуются накоплениями кораллового песка, а также более крупного обломочного материала. Поверхность дна ложбин и каналов, уклоны которого обычно невелики (около 10-15°), ровная, иногда слегка валообразная. Микрорельеф определяется деятельностью роющих организмов. Кораллы на дне каналов и ложбин единичны. Это либо колонии Pontes, Montastrea, Diploastrea, либо рамозные формы, лежащие поверх песчаных осадков. Среди корковых известковых водорослей, образующих моностроматические покровы на крупных обломках и скальных поверхностях, распространены Lithophyllum, Goniolithon и др. Членистая Halimeda поселяется на песке, образуя местами небольшие куртинки.
ШЛЕЙФ РИФА — наклонная террасовидная поверхность, покрытая аккумулятивным чехлом, на которую мористым краем могут выходить расширяющиеся вниз по склону каналы и ложбины. Пологонаклонные поверхности шлейфа часто покрыты родолитами — обломками известняка, обросшими толстым слоем красных известковых водорослей, имеющими округлую или эллипсоидную форму и достигающими до 30 см в диаметре. Тем не менее проективное покрытие известковыми водорослями здесь реже, чем в верхней части ложбин и каналов, а слабоветвистые и высокие талломы Halimeda не образуют плотных поселений.
Кораллы на шлейфе рифа представлены неприкрепленными формами Heteropsammia, Fungia, Goniopora и альционариями Xera. На участках с рельефом, осложненным крупными рифелями и валами, встречаются заросли жгучего гидрокоралла Millepora.