Синезеленые легко узнаются по окраске — сине-зеленой с различными оттенками, оливково-зеленой или грязновато-желто-зеленой — и простоте строения клеток, лишенных оформленного ядра и хроматофоров. Пигменты у них сконцентрированы в наружном слое протоплазмы.
В почве представлены главным образом порядки Chroococcales, Nostocales и Oscillatoriales.
Порядок Chroococcales наиболее примитивен. Из относящихся сюда форм для почв очень обычны виды рода Microcystis — микроскопические, бесформенные или более или менее округлые слизистые колонии с мельчайшими шаровидными клеточками, беспорядочно расположенными в толще слизи. Более крупные клетки, правильное строение колоний и плотная слизь отличают роды Aphanothece и Gloeocapsa, также обычные в почве. Порядок Nostocales широко представлен в самых разнообразных почвах от крайнего севера до юга. Наиболее часто встречаются представители родов Nostoc и Cylindrospermum. Некоторые из них способны в массе разрастаться на поверхности почвы. Так, например, Nostoc commune образует крупные колонии, до нескольких сантиметров в поперечнике. Во влажном состоянии они слизисто-хрящеватые, складчатые или волнистые, темно-оливково-зеленые, а при высыхании превращаются в хрупкие тонкие темные пленки. Внутри плотной слизи, образующей колонию, в беспорядке располагается множество нитей, составленных из шаровидных или бочонкообразных вегетативных клеточек, среди которых местами образуются особые, как бы «пустые» клетки с толстой оболочкой, или гетероцисты, и споры. Эта водоросль нередко сплошь покрывает почву весной в степной и полупустынной зонах, а также на севере и в горах. Колонии размером с булавочную головку в большом количестве образует на почве Nostoc microscopicum. Микроскопические же колонии ностоков почти всегда разрастаются в культурах, засеянных почвой. Очень обычен в культурах, например, Nostoc punctiforme, отличающийся чрезвычайно плотным расположением нитей в колониальной слизи.
Виды рода Anabaena весьма сходны с ностоками по строению нитей, но не образуют слизистых колоний. Нити их одиночные или рыхло и по-нескольку собранные вместе. Они обнаруживаются только в культурах. Одним из самых обычных почвенных представителей может служить Anabaena uariabilis.
Виды Cylindrospermum отличаются расположением гетероцист и спор только на одном конце нитей. Эти водоросли часто образуют характерные темные слизистые пятна на поверхности глинистой и суглинистой почвы. В почве весьма распространены, например, Cylindrospermum Ucheniforme и С. muscicola. Из других представителей этого порядка, отличающегося наличием гетероцист, хорошо узнается Tolypothrix по его относительно крупным и ровным нитям, и Саlothrix, нити которого к одному из концов утончаются. Для обоих родов характерно так называемое ложное ветвление — отход в сторону участков нитей при разрыве около гетероцист.
Представители порядка Oscillatoriales имеют простое нитчатое строение, лишены и гетероцист, и спор. Они также весьма обильны в почве, особенпо виды родов Phormidium, Lyngbya и Microcoleus. У Phormidium нити снабжены тонкими расплывающимися слизистыми чехлами (влагалищами), благодаря чему легко соединяются в пленки. Темные, чернильного цвета пленки Phormidium autumnale, часто встречаются на загрязненной почве, хорошо растут в культурах, как и другие виды этого рода. Нити Lyngbya имеют толстые слизистые чехлы. На плотной глинистой почве можно встретить ветвистые «черточки» Microcoleus uaginatus, которые под микроскопом оказываются образованными из множества тесно переплетенных вместе нитей. К этому же порядку относятся обычные в почвах виды Plectonema, которые внешне похожи на Tolypothrix благодаря наличию ложных ветвлений, но значительно мельче их и лишены гетероцист.
Для точного определения синезеленых до вида в большинстве случаев достаточно посвященного им второго выпуска общесоюзной серии определителей (Голлербах и др., 1953). При затруднениях существенную помощь может оказать обширная монография Еленкина (1936, 1938, 1949).