Возбудитель — Botrytis allii Munn. Это заболевание распространено очень широко, но наиболее часто встречается в северной и средней полосах СССР и в Европе. Обнаруживается на луке как в поле, когда луковица уже сформирована, так и при хранении.
Шейковой гнилью поражаются выборок, продовольственный лук и семенной лук (маточники). Заражение лука происходит в поле через повреждения насекомыми или во время ухода за ними. При этом первые этапы заражения трудно уловить, так как в период вызревания лука его шейка размягчается и листья полегают — это естественный процесс, но при заражении шейковой гнилью к размягчению шейки добавляется небольшое размягчение сочных чешуй в области шейки. Сначала пораженное место на сочной чешуе имеет серый цвет, затем светло — и темно-коричневый. Позже на сухих чешуях и между сочными появляются черные твердые образования — склероции. Иногда наблюдается поражение грибом семенников; на пораженных соцветиях семян обычно не образуется. Наиболее заметно болезнь проявляется в хранилище при высокой температуре и влажности через 2—3 нед после закладки на хранение. Заражение шейковой гнилью может происходить и при уборке, если сухие листья срезаются слишком низко, а на месте ранения сочных чешуй поселяется гриб; подмороженный и битый лук также более подвержен поражению этой болезнью. Когда большая часть луковицы заражена в результате вторичного поражения гнилостными бактериями, луковица становится мягкой. В хранилище появляется специфический запах гнили.
Источники инфекции болезни — зараженные луковицы, высаженные в поле, перезимовавшие склероции и зараженные семена.