Оживление геоботанических исследований во время этого периода поставило перед учеными задачу составления программ и методических руководств для проведения исследовательских работ на надлежащем уровне.
Первым таким было «Пособие» Флерова и Федченко. Затем в короткий срок (1909—1913 гг.) были составлены четыре методических сборника: «Программа для ботанико-географических исследований» (1909), изданная Псковским губернским земством, которая была переделана и легла в основу «Предварительных программ для ботанико-географических исследований» (1909), составителями которых были Н. А. Буш, Б. А. Келлер, Р. Р. Поле, В. М. Савич, В. Н. Сукачев, и «Программы для ботанико-географических исследований» (1909, 1910) в двух выпусках. Составителями последних «Программ» были Б. А. Агапов, Н. А. Буш, Б. А. Келлер, М. Ф. Короткий, Р. Р. Поле, В. М. Савич, В. Н. Сукачев, С. М. Филатов, М. М. Юрьев.
Интересные детали о ходе составления «Программ» (1909, 1910) сообщает В. Н. Сукачев в письме автору (от 9 марта 1965 г.): «Заслуживает быть отмеченной характерная черта того, как составлялись Ботанико-географические программы, напечатанные в двух небольших томах в 1909—1910 годах. Так как я тогда был секретарем Ботанико-географической подкомиссии Почвенной комиссии Вольного экономического общества, то мне пришлось принимать активное участие в организации и проведении этого мероприятия. Кажется, впервые был тогда применен особый способ составления коллективного труда. По идее имелось в виду, что все разделы этих программ должны быть в полном смысле коллективно составлены. Поэтому эти программы, за небольшим исключением, являются в полном смысле коллективно составленными. Однако некоторые авторы, хотя и их главы также коллективно обсуждались, пожелали сохранить свои фамилии при этих главах, на что коллектив (т. е. члены ботанико-географической Подкомиссии) согласился. Между прочим, тогда уже у нас выявилась необходимость стационарного изучения растительных сообществ. Мы предполагали вскоре после выхода в свет «Ботанико-географических программ» приступить к составлению программ стационарных работ по изучению растительности. В первые годы второго десятилетия было проведено несколько заседаний по обсуждению программ этих исследований. На них, в частности, подробно обсуждалась программа стационарного эколого-физиологического изучения растительных сообществ. Однако, как известно, эти программы с методикой этих работ и до сих пор в полной мере не составлены, хотя с тех пор прошло более полувека. Тогда мне удалось лишь напечатать от себя краткие перечни вопросов стационарных работ в «Лесном журнале», т. 48, 1918 г. и в особом издании в 1919 г.».
Интерес к составлению программ исследований, стремление к детально запрограммированной и согласованной работе — одна из характерных черт русской и советской геоботаники. В. Н. Сукачев (1917) пишет, что внимание к составлению программ после выхода в свет «Программ» 1909 и 1910 гг. не уменьшилось. В 1913 г. подкомиссией Вольного экономического общества была избрана особая комиссия (в составе И. П. Бородина, Н. А. Буша, В. А. Дубянского, В. Л. Комарова, В. Н. Сукачева и Б. А. Федченко) для разрешения номенклатурных и программных вопросов. В 1916 г. была при Русском ботаническом обществе избрана флористическая комиссия, задачей которой также было рассмотрение терминологических и программных вопросов геоботаники.