Нельзя протравливать семена сильно поврежденные или с влажностью более высокой, чем у кондиционных.
Не рекомендуется протравливать семена сильно запыленные и корнеплоды и клубнелуковицы сильно загрязненные. Мелкие частицы имеют большую относительную поверхность и поэтому связывают протравитель лучше, чем протравливаемый материал, который не получает требуемой дозы. Кроме того, запыленные семена дают много пыли, содержащей препарат, что ухудшает санитарно-гигиенические условия работы. Обработанные семена следует хранить в прохладном, сухом, проветриваемом помещении и высевать не позже чем через месяц после протравливания. При соблюдении всех указанных требований протравленные семена могут сохраняться более длительное время.
Хранение протравленных семян с высокой влажностью или в неприспособленных хранилищах приводит к поражению их плесенью и гибели. Надо иметь в виду, что в ряде случаев протравливание семян несколько снижает их всхожесть, однако это не умаляет хозяйственного эффекта данного способа, так как злаковые культуры способны к кущению, а норма высева семян овощных культур значительно выше, чем необходимо для выращивания растений на единице площади.
Широко используется обработка плодов, особенно цитрусовых, после сбора для предотвращения потерь от гнилей и плесневения. Это касается и плодов цитрусовых, импортируемых в страну. Например, в 1989-1992 гг. в Москве реализовывались апельсины, поступившие из Египта, которые после уборки были обработаны смесью тиабендазола и натриевой соли ортофенилфенола, лимоны из Аргентины, обработанные смесью бифенила, ортофенилфенола и имазалила (это было указано на упаковочных ящиках). Данный прием является обязательным во всех странах, возделывающих цитрусовые культуры.