Род Raphanus L. небольшой, он объединяет 10 видов, из которых четыре возделываются (R. sativus L. s. I., R. landra Мог., R. indicus Sinsk., R. caudatus L. f.).
Принято группировать виды в три секции: Raphanus, Raphanistrum (DC.) О. Е. Schulz и Hesperidopsis Boiss. Мы признаем из них две первые и выделяем из секции Raphanus новую — Siliquiformis Sazon. Секция Hesperidopsis филогенетически далека от видов Raphanus. Подразделение рода на секции ведется по признакам плода: у Raphanistrum — плоды членистые, у Raphanus — цельные с короткими носиками, у Siliquiformis — цельные с длинными носиками.
Многолетние наблюдения сортового разнообразия корнеплодной редьки из мировой коллекции ВИРа (1760 образцов), возделываемой в основных зонах овощеводства СССР (Нечерноземье, Средняя Азия, Украина, Кавказ), проведенные за период 1964—1980 гг., показали, что все возделываемые редьки легко скрещиваются между собой и дают плодовитое потомство. Это обстоятельство и наличие переходных форм, обусловленных различным комбинированием признаков, свидетельствуют о генетической близости географически изолированных групп. Поэтому нами принимается один полиморфный вид R. sativus L. s. l. с тремя подвидами: subsp. sativus (европейский), subsp. sinensis Sazon. et Stankev. (китайский) и subsp. acanthiformis (Blanch.) Stankev. (японский). Эти таксоны имеют специфические морфологические, физиологические и биохимические особенности. С таким подразделением, впервые установленным Л. В. Сазоновой (1971), согласились японские ученые М. Ashizawa, К. Hida, Н. Joshikawa (1979).
Наличие существенных различий между дикорастущими и культурными формами редьки японской позволяет расчленить установленный Е. Н. Синской (1928, 1931) вид R. raphanistroides (Makino) Sink, на два самостоятельных таксона — собственно R. raphanistroides (дикая редька береговая) и подвид R. sativus subsp. acanthiformis (Blanch.) Stankev. — возделываемая редька японская.
Поскольку редька масличная (Raphanus chinensis annuus oleiferus, по Линнею) по видовым признакам идентична подвиду китайскому (subsp. sinensis) и отличается от него лишь отсутствием корнеплода и более крупными семенами, мы выделяем ее в качестве особой группы разновидностей этого подвида — convar. oleiferus (L.) Sazon. et Stankev.