В современном производстве остро стоит проблема отходов, которые загрязняют окружающую среду, занимают территорию.
Эта проблема частично может быть решена с помощью грибов. В США на крахмалсодержащих отходах культивируют Aspergillus niger. В Англии грибы используют для очистки сточных вод. В Японии сточные воды, образующиеся при производстве кофе, также очищаются с помощью грибов. Иногда на мусоре разводят съедобные грибы, используемые в пищу. Субстрат в результате выращивания грибов обогащается белками и идет для получения кормовых дрожжей.
Чтобы разрушить пни, оставшиеся на вырубках, в Германии их заражали опенком летним (Kuehneromyces mutabilis). В результате извлекалась двойная выгода: пни не надо было корчевать, а плодовые тела опенка отличаются хорошими вкусовыми качествами.