Всходы всех древесных пород в первый период своей жизни находятся в травянистом состоянии. Одревеснение у хвойных пород наступает примерно через 2 месяца, у лиственных — от 2 недель до 1 месяца. В этот период растения весьма чувствительны ко всякого рода грибным заболеваниям. Достаточно небольшого повреждения стебелька, листьев, хвои или корневой системы, чтобы молодое растение засохло и погибло. Особенно часто в молодом возрасте древесные породы поражаются болезнями типа инфекционного полегания и шютте, мучнистой росой, различными пятнистостями, болезнями, вызываемыми ржавчинными грибами.
Наиболее распространенным заболеванием на лесных питомниках является инфекционное полегание. Полегание вызывается целым рядом грибов, чаще всего из рода фузариум, обитающих в почве.
Заболевание характеризуется тем, что у молодых сеянцев около корневой шейки появляется перетяжка, нарушающая нормальное водоснабжение. Пораженный сеянец постепенно изгибается, желтеет, валится на землю и увядает. Легко заметить, что заболевание начинается с корневой системы и идет вверх по стебельку. Достаточно выдернуть из почвы больное растение, чтобы убедиться в этом. У десятидневных сеянцев, корневая система которых еще слабо развита, наблюдается сплошное загнивание корешка, у более взрослых сеянцев периферические ткани корня разрываются и сеянец вытягивается из земли с обнаженным осевым цилиндром. В сырую погоду можно наблюдать у корневой шейки в месте перетяжки беловатый войлочек грибницы либо скопления конидий гриба в виде розоватых, либо серых слизистых подушечек.
Все возбудители полегания сеянцев легко размножаются грибницей и конидиями. Грибница способна жить в почве длительное время, развиваясь на растительных остатках либо сохраняясь в виде покоящихся стадий. Поэтому в почве всегда есть запас инфекции, и в подходящих условиях гриб поражает сеянцы древесных пород. Грибница может переходить от одного сеянца к другому, стелясь по поверхности либо в верхнем слое почвы. Поскольку сеянцы тесно расположены друг возле друга, полегание сеянцев носит обычно очаговый характер. Отечественным лесоводством меры борьбы с инфекционным полеганием сеянцев разработаны достаточно хорошо и изложены в специальных инструкциях и наставлениях.
Существенный вред сеянцам и молодым лесным культурам приносят грибные заболевания типа шютте. Первоначальным признаком заболеваний этой группы является изменение окраски хвои — она желтеет, далее становится серой или приобретает красновато-бурый оттенок. На пораженных хвоинках появляются спороношения грибов-возбудителей в виде темных точек, бугорков или подушечек. Опадение пораженной хвои послужило основанием для названия болезней этого типа (оно происходит от немецкого глагола schutten — осыпаться).
Среди болезней, сопровождающихся опадением хвои, наибольшее значение для Сибири имеют обыкновенное и снежное шютте сосны, а также шютте лиственницы.
Болезни шютте у сосны вызывают сумчатые грибы лофодермиум и фацидиум. Первый — возбудитель шютте обыкновенного, второй — шютте зимнего.
Шютте обыкновенное в сильной степени поражает в наших условиях кедр и сосну. Первым признаком заболевания служит пожелтение хвои, в тканях которой начинает развиваться грибница паразита. На зараженных хвоинках весной появляются пикниды гриба в виде мелких черных точек. Пожелтевшая либо побуревшая пораженная хвоя начинает опадать. На отмершей хвое формируются более крупные споровместилища гриба — апотеции. Они черные, выпуклые, имеют продолговатую форму и открываются продольной щелью, хорошо заметной в лупу. Одновременно на мертвых хвоинках образуются тонкие черные поперечные линии, что является добавочным диагностическим признаком этого заболевания. Шютте обыкновенное опасно для молодняков кедра и сосны. Взрослые деревья страдают от этого заболевания меньше, поскольку гриб поражает лишь нижние ветви со старой хвоей, что для дерева не опасно.
Сосна и кедр в наших условиях поражаются также снежным шютте. Это название болезнь получила потому, что заражение грибом происходит поздней осенью, а поражение хвои обнаруживается на ветвях, выходящих весной из-под снега. Весной после таяния снега на пораженной хвое виден серый налет грибницы. В отличие от обыкновенного при поражении снежным шютте хвоя приобретает пепельно-серую окраску.
Отмершая хвоя обвисает на веточках, становится хрупкой, легко крошится и опадает. Под эпидермисом пораженных хвоинок закладываются плодоношения гриба, прорывающиеся по мере созревания наружу, в виде темных дисков. Заболевание широко распространено в Сибири и наносит большой вред лесному хозяйству.
Шютте лиственницы вызывается грибом Мерия (Meria laricis). Больше всего страдают от заболевания двухлетние сеянцы лиственницы. Заражение молодой хвои грибом происходит весной, вскоре после распускания почек. На концах зараженных хвоинок появляются красновато-бурые пятнышки, которые вскоре захватывают всю хвоинку. Через 3—4 недели после заражения пожелтение целиком охватывает хвою на стволике больного растения, хвоя осыпается. Плодоношения гриба развиваются на нижней стороне хвои, конидиеносцы гриба выходят пучками из устьиц. Шютте лиственницы, или мериоз, в последнее время получил значительное распространение на лесных питомниках Сибири, где занимаются выращиванием лиственницы. Меры борьбы с грибными заболеваниями типа шютте достаточно разработаны и изложены в специальных инструкциях и наставлениях.