Представление о клетке, как об элементарном живом организме, получило в 60—70-х годах всеобщее признание, поэтому вполне естественно было ожидать, что эта концепция должна была быть как-то увязана с бурно развивавшейся эволюционной морфологией.
Эволюционная идея неудержимо проникала во все области биологической науки. В микроморфологии эта точка зрения впервые нашла яркое выражение в трудах виднейшего морфолога дарвиниста Эрнста Геккеля. В своей основной и, может быть, лучшей работе «Общая морфология организмов» он уделил очень много места проблеме клеточной теории с точки зрения интересовавшей его схемы эволюционного развития организмов («филогенетическое древо»). В филогенетических построениях Геккеля клетка играет весьма значительную роль, являясь основой в определении индивидуальности живых существ, а также как исходная форма развития жизни на Земле. Для Геккеля уже было ясно, что клетка сама по себе является сложной структурой. Так, он писал, что «элементарный организм по существу далеко не элементарен в своем строении». Поэтому Геккель искал также переходные ступени между сложным элементарным организмом и неорганической материей. Предложенная им схема развития организмов представляет теперь только исторический интерес, как первая попытка использовать данные о микроскопическом строении организмов для филогенетических построений.
Геккель разделял мир органических существ на три царства. Кроме животных и растений, он ввел третье царство — царство протистов, которое он в свою очередь разделил на две группы: на цитоды (или монеры) и на клетки. Цитоды им характеризовались как «участки протоплазмы без ядра». Он считал, что именно существа подобного строения и являются переходными ступенями между живым и неживым. Клетки являются в эволюционном отношении уже вышестоящими организмами, поскольку они представляют собой «протоплазматические комочки с ядром».
Интересно здесь отметить, что цитоды и клетки были объединены им под именем пластид (в дословном переводе это греческое слово означает «образователи»). Геккель их называет также индивидуумами первого порядка. По его представлениям, пластиды являются теми простейшими единицами, из которых составляются индивидуумы высшего порядка. Агрегаты пластид создают ткани, органы и т. д. Вместе с тем Геккель первый дал теорию возникновения многоклеточности. Он исходил из колониальных форм одноклеточных организмов, которые, по его представлениям, при дальнейшем эволюционном развитии дифференцировались таким образом, что составляющие их клетки становились качественно неравнозначными элементами. Так, колониальные организмы (группа сходных клеток) превращались в многоклеточные существа (Metazoa), состоящие из клеток, отличающихся различной структурой и функцией.
Геккель подробно останавливается также на вопросе о возникновении самой клетки. Его теории, конечно, чисто умозрительны, но заслуга Геккеля заключается прежде всего в том, что, использовав данные учения о клетке, он пытался показать в достаточно вероятной форме, как именно можно себе представить эволюционное происхождение живых существ. Он полагал, что первым полноценным организмом должна быть структура, аналогичная клетке, и пытался заполнить пробел между неживым миром и клеткой. Он выделил группу цитод, или монер (безъядерных комочков). Геккель по существу имел на это право, так как микроскопическая техника того времени не позволяла выявить клеточную природу этих «сверхпростых» организмов. В настоящее время, когда группа цитод давно уже развенчана, представление о родоначальных живых организмах сводится к клеткам. Конкретно никто не знает, чем заполнить пропасть между неорганизованной матерней и клеткой, образовавшуюся после того, как существование монер было опровергнуто. Являются ли вирусы такой фазой развития, сказать очень трудно. Возможно даже, что вирусы вообще никакого отношения к возникновению жизни не имеют, а являются «веществом», а не «существом». В гипотезах, конечно, недостатка нет, но мы на них здесь останавливаться не можем. Сам Геккель представлял себе процесс таким образом, что бесформенные комочки белковой субстанции — монеры — возникли в морях в очень отдаленные эпохи путем чисто химических и физических взаимодействий движущихся молекул или подобно тому, как возникает кристалл в маточном растворе. Он подчеркивал, что чисто химические и физические причины должны были обусловливать возникновение сложных углеродистых соединений. Эти вещества давали уже не растворы, а взвеси из маленьких комочков, которые оказывались способными к накоплению разных субстанций, что допускало рост путем ассимиляции сходных соединений. Но такой рост оказывался возможным только до известных пределов, ибо аттракционный (притягивающий) центр, создававший такой индивидуум, расщеплялся на два или несколько центров. Таким образом возник процесс размножения делением. Лишь позднее в результате дифференцировки этих бесформенных кусочков и выделения самостоятельного ядра возникли, согласно представлениям Геккеля, истинные клетки.
Любопытно отметить, что Геккель продолжал приводить представления Шлейдена — Шванна о цитогенезе как конкретное обоснование его теории образования клеток. Он продолжал также приводить сравнения Шванна между клеткообразованием и процессом кристаллизации, но, повторяем, в его построении существенна не столько конкретная расшифровка данной проблемы, сколько важна ее постановка и попытка материалистического ее решения. От многих элементов этой теории, как, например, сравнения клеткообразования с кристаллизацией, уже давно отказались, но, с другой стороны, теория возникновения многоклеточности, так, как она понимается большинством исследователей и по настоящее время, принципиально ничем не отличается от теории, сформулированной Геккелем. Мы и до сих пор не без основания полагаем, что в филогенезе промежуточными формами между Protozoa и Metazoa могли быть колониальные организмы.