При заготовке семян хвойных пород прежде всего необходимо хранить шишки до переработки.
В шишках, за исключением пихты и кедровых сосен, семена могут сохраняться почти не теряя всхожести в течение 4—5 лет. Обычно шишки хранят слоем не более 1,5 м, а сосны осеннего (октябрьского) сбора — слоем 0,3—0,5 м в холодных проветриваемых специальных складах (амбарах) с приподнятым на 70 см над уровнем земли деревянным полом. Шишки сосны и ели перед хранением сортируют в соответствии со стандартами и просушивают, перелопачивая через каждые 3—5 дней. В период хранения за шишками ведут наблюдения и в случае самосогревания их расстилают тонким слоем в проветриваемом помещении и просушивают.
Семена сосен (кроме кедровых), елей, лиственниц, пихт, можжевельников, туи и биоты хранят в герметически закрытой темной таре емкостью до 20—25 л. Открытым способом эти семена хранить продолжительное время нельзя. Для герметической упаковки плотно подогнанные пробки обтягивают полиэтиленовой пленкой и туго обвязывают шпагатом несколько раз или заливают парафином, сургучом. При длительном хранении для поглощения выделяемой влаги в тару сверху семян закладывают в мешочках хлористый кальций (100—150 г) или другое поглощающее влагу вещество. Семена, хранящиеся в прозрачной таре (стеклянные бутыли, полиэтиленовые сосуды), осматривают не менее 1—2 раза в месяц для определения их состояния, одновременно проверяя герметичность закупорки тары. При изменении окраски и блеска или появлении плесени на семенах всю партию просушивают в проветриваемом помещении и проверяют посевные качества семян. При хранении в непрозрачной таре одновременно и в аналогичных условиях закладывают контрольную пробу в стеклянный бутыль для наблюдений за состоянием семян. Изменение влажности семян в герметически закрытых сосудах определяют по кобальтовой бумаге, вложенной в каждый прозрачный сосуд или контрольную пробу.
Семена кедровой сосны сибирской, корейской и кедрового стланника до предпосевной подготовки хранят при влажности 12—16% в сухих складах в ящиках, закромах или мешках. Срок хранения не более 1 года, а семена сосны корейской могут храниться до 3 лет при температуре 0—5°С. Не рекомендуется хранить семена этих сосен в холодных помещениях при возможном длительном воздействии отрицательных температур (возможно снижение посевных качеств). До 2 лет семена сосны кедровой сибирской и стланника хранят в ямах или траншеях глубиной 1,5 м, на дно которых насыпают гальку, щебень и мелкий песок слоем до 10 см, а затем поочередно насыпают пять слоев по 10 см семян и песка. Сверху ямы или траншеи засыпают землей, устраивая холмик до 50 см, покрывая его зимой кучей снега.