Запасы крахмала в клубнях при хранении уменьшаются, а выделяемые при этом тепло, влага и углекислый газ способствуют поражению их болезнями и ускорению вырождения.
Поэтому основной задачей хранения является торможение прорастания глазков, а также предохранение клубней от порчи, большой потери массы и распространения болезней. Известно, что во время хранения клубни проходят три периода (дозревание, покой и пробуждение). Первый из них продолжается 20-25 дней, при этом глазки остаются спящими, а жизнедеятельность клубней ослаблена, второй характеризуется относительным покоем и продолжается примерно 3-4 месяца. Третий период начинается с пробуждения глазков и образования ростков, при этом из-за усиления дыхания масса клубней и содержание витамина С в них сильно снижаются. Обычно клубни хранятся в специальных картофелехранилищах, которые имеют различную конструкцию. Известно, что температура внутри вороха должна быть не выше +2-3°С. Если же она поднимается более +4°С, то начинается раннее пробуждение глазков, за счет чего картофель прорастает и быстрее портится. Оптимальная влажность воздуха в хранилище должна составлять 80-90%, а большая сухость способствует дряблости клубней и потере вкусовых качеств.
Если в хозяйстве нет специальных хранилищ, то картофель можно хранить в буртах или траншеях. Место для бурта должно быть возвышенное и сухое, а также с небольшим уклоном. В основании его делается небольшая выемка глубиной 20-30 см, шириной 2 м и длиной 15-20 м. Чтобы в бурте была постоянная вентиляция, на дно котлована укладывается дощатая труба (30×40 см) или выкапывается продольная канавка, которая закладывается хворостом, стеблями подсолнечника и т. п. Вентиляционная канавка соединяется с вертикальными трубками. Для хранения клубни насыпаются пирамидой высотой около 1 м, закрываются слоем соломы и почвы, который постепенно увеличивается по мере охлаждения бурта и похолодания. В средней полосе России толщина укрытия составляет 60 см, а на Северо-Востоке и в Сибири — 1,5 м. Для контроля за температурой в буртах используются специальные термометры. Ее можно регулировать дополнительной присыпкой земли или навоза, а также изменением толщины снежного покрытия. Если бурты устраиваются без вертикальной вентиляции, то вначале картофель укрывается соломой и землей (20-30 см), затем снова соломой (30 см), а сверху второй раз землей (40-50 см). При хранении семян от летних посадок обычно делается траншея (глубина и ширина до 1 м) с перемычками (50 см) через каждые 5-6 м. Картофель укладывается в нее слоями в 1-2 клубня, которые засыпаются влажной землей (толщина 4-5 см). Заполненная траншея сверху укрывается слоем земли 60-70 см, а для лучшей сохранности иногда еще опилками и снегом. Хорошо себя зарекомендовал способ хранения семенного картофеля в контейнерах, вместимость которых составляет 650 кг, а высота складирования может составлять 4-5 ярусов.