Наиболее примитивные представители подкласса.
Их вегетативное тело представлено голым комочком протоплазмы, находящимся внутри клетки растения-хозяина. Вначале он одноядерный, затем становится многоядерным, покрывается оболочкой и превращается в зооспорангий с большим количеством одножгутиковых зооспор. Кроме бесполого размножения зооспорами, у хитридиевых имеется и половое — копуляция изогамет. Зигота некоторое время имеет жгутики, движется, затем проникает в клетку растения и превращается в покоящуюся цисту, которая прорастает весной, как зооспорангий.
Большинство хитридиевых — внутриклеточные паразиты водных и наземных растений. Некоторые из них имеют практическое значение как очень опасные паразиты культурных растений. Примером таких паразитов является Synchytrium endobioticum Регс. возбудитель опасного карантинного заболевания картофеля, известного под названием картофельного рака. Болезнь проявляется в образовании объемистых бурых или черных наростов на клубнях и столонах. В клетках наростов содержатся цисты паразита, которые при сгнивании пораженных клубней в почве освобождаются, прорастают с образованием зооспор и вызывают заражение других клубней картофеля. У этого организма цисты бывают двух родов: тонкостенные, летние, быстро прорастающие не одним, а несколькими зооспорангиями — сорусом; толстостенные — зимующие, которые весной прорастают прямо в зооспоры, не разделяясь на сорус зооспорангиев.
Довольно близко к возбудителю картофельного рака, который детально изучен, стоят другие паразиты из рода Synchytrium, поражающие древесные породы, кустарники и травянистые растения лесов. На листьях серебристого тополя паразитирует S. aureum Schr., поражает также более ста видов других растений. S. stellariae Fuck отмечается на листьях, стеблях и чашелистиках звездчатки (Stellaria holostea), S. anemones DB. et Wor. — на листьях ветреницы (Anemone nemorosa L.).
Микохитридиевые (Mycochytridiales). Имеют вегетативное тело, покрытое оболочкой и снабженное мицелиевидными ризоидами, погруженными в субстрат. Бесполое размножение осуществляется зооспорами, развивающимися в зооспорангиях, которые прорастают немедленно и после покоя. Большинство микохитридиевых — сапрофита или паразиты водных растений. Примером паразитов наземных растений является ризофидиум (Rhizophidium pollinis Zopf.), встречающийся на пыльце сосны, плавающей в воде.
Ряд двужгутиковых (Bicilliata) состоит из порядков: плазмодиофоровые (Plasmodiophorales), ворониновые (Woroninales), лептомитовые (Leptomitales), пероноспоровые (Peronos — porales), сапролегниевые (Saprolegniales). В пределах этого ряда наибольшее количество фитопатогенных организмов находится в порядках плазмодиофоровых и пероноспоровых.
Плазмодиофоровые (Plasmodiphorales). Представители порядка — внутриклеточные паразиты высших растений, среди которых практическое значение имеет плазмодиофора (Plasmodiophora brassiсае Woron.), вызывающая килу корней капусты и других крестоцветных. Этот паразит впервые был тщательно исследован и описан русским микологом М. С. Ворониным (1874).
К этому порядку относится возбудитель порошистой парши картофеля (Spongospora subterranea Lagerh.), у которой споры, образующиеся в клетке растения-хозяина, не одиночные, а склеены в шаровидные тела губчатого строения.