Важным агротехническим приемом предупреждения появления болезней служит севооборот. Фитопатологическое значение его заключается в следующем.
При выращивании культурных растений в почве и особенно вокруг корней растений (в ризосфере) постоянно находятся и развиваются различные микроорганизмы как полезные для растений (в процессе их питания), так и фитопатогенные, вызывающие болезни растений. Качественный состав микроорганизмов зависит от многих внешних условий и в том числе от химического состава корневых выделений растений, которые имеют селективное значение. Поэтому возделывание в течение ряда лет на одном участке одной и той же культуры может привести к накоплению в почве большого количества инфекционного материала, появлению и усилению заболевания, к падению урожая и даже гибели культуры, если не принимать мер защиты ее от болезней. Примерами таких заболеваний могут быть фузариозное увядание льна, обыкновенная парша картофеля, вилт хлопчатника, белая гниль подсолнечника.
Инфекционное начало многих заболеваний может сохраняться длительное время в почве как с растительными остатками, так и без них. Под воздействием почвенных микроорганизмов-антагонистов споры, склероции, покоящийся мицелий и другие формы возбудителей болезней теряют жизнеспособность, подвергаются микробиологическому разложению, а почва оздоровляется и вновь становится безопасной для возделывания культурных растений. Для разных возбудителей болезней срок сохранения инфекции в почве различен, а этот факт имеет важное фитопатологическое значение при разработке и обосновании севооборота для той или иной зоны.
При выборе севооборота надо знать состав возбудителей болезней, поражающих культуры севооборота в пределах определенной зоны, связь возбудителей с отдельными культурами и всей системой севооборота и возможности совместить эти культуры в севообороте. Надо стремиться размещать культуры так, чтобы предшествующие и последующие культуры не имели общих болезней, возбудители которых могут перезимовывать в почве и в следующем году поражать новую культуру. Например, нельзя допускать чередование в посеве моркови и подсолнечника, поскольку они поражаются некоторыми общими болезнями.
Необходимо, чтобы каждую культуру, а особенно те культуры, которые имеют общие болезни, возвращали на прежнее место в севообороте через такое время, в течение которого возбудители болезни теряют жизнеспособность в почве.
Склероции возбудителей белой гнили подсолнечника Sclerotinia libertiana сохраняют жизнеспособность в почве до 7 лет, причем наиболее опасны они в первые три года. Для их подавления следует соблюдать правильный севооборот, исключающий выращивание подсолнечника на прежнем месте ранее 7 лет, в крайнем случае через 3—4 года. Размещение яровой пшеницы в правильных севооборотах по предшественникам — пропашным (кукуруза, подсолнечник) или зернобобовым культурам — важное мероприятие в борьбе с корневыми гнилями пшеницы.
Важное фитопатологическое значение имеет размещение полей в севообороте. Следует избегать смежного расположения участков с культурами, имеющими общие болезни. Например, картофель и томаты поражаются фитофторозом и поэтому необходимо их располагать на некотором расстоянии друг от друга. Пространственная изоляция (не менее 1000 м) плантаций сахарной свеклы от семенных высадков является мерой борьбы с пероноспорозом, мозаикой и другими вирусными болезнями этой культуры.