На накопление вторичной микрофлоры сыра оказывают большое влияние технологические режимы его производства.
В сырной ванне при температуре заквашивания (не ниже 30°С) создаются благоприятные условия для развития микроорганизмов. При разрезании сгустка основная часть микроорганизмов молока (3/4) адсорбируется белком и остается в зерне, лишь 1/4 часть ее переходит в сыворотку. Дальнейшее обогащение сырной массы микрофлорой происходит в результате ее размножения, которое возможно при защитном воздействии белков, связывающих молочную кислоту.
Температура второго нагревания особенно сильно влияет на ход микробиологических процессов при созревании сыра. При низких температурах второго нагревания (40 °С), лишь немного превышающих оптимум для мезофильных молочнокислых бактерий, микробиологические процессы ускоряются. При дальнейшем повышении температуры второго нагревания объем микрофлоры в сырах снижается. Так, в результате повышения температуры второго нагревания от 40 до 43 °С количество микробов в сыре после прессования уменьшалось в 2 раза, а до 46°С — в 5 раз.
Высокие температуры второго нагревания (55—60 °С) резко подавляют развитие мезофильной молочнокислой микрофлоры (стрептококков и палочек) и в меньшей степени — термофильных молочнокислых палочек. Подавление дальнейшего развития микрофлоры достигается и в результате сильной обсушки зерна, которая приводит к потере молочного сахара и понижению влажности сыра.
К концу обработки количество бактерий в 1 г зерна достигает сотен миллионов (при высоких температурах второго нагревания — десятков миллионов). В качественном отношении преобладание получают молочнокислые бактерии.
При прессовании происходит дальнейшее увеличение объема микрофлоры, который достигает одного или нескольких миллиардов в 1 г сырной массы. Температурные условия при прессовании остаются благоприятными для развития бактерий. В крупных сырах (швейцарском, советском) в это время сильно развиваются молочнокислые палочки. В конце прессования количество бактерий в 1 г сыра достигает одного или нескольких миллиардов.
Посолку производят с целью улучшения консистенции и вкуса сыра, а также подавления развития вредной микрофлоры («главным образом бактерий группы кишечной палочки). При посолке из поверхностных слоев сыра извлекаются растворенные вещества (молочный сахар, соли), а внутрь сыра проникает поваренная соль, подавляющая развитие не только вредной, но и полезной микрофлоры.