Методы анализа экосистем уже использовались для изучения биотических взаимодействий в монокультурном ценозе, и некоторые авторы определяют монокультуры как агроэкосистемы, несмотря на то, что монокультуры как часть системы, управляемой экономическими законами, не имеют себе аналогии в природных экосистемах.
Монокультуры товарного земледелия не являются особым видом экосистем, если только не сужать определение последних так, чтобы оно включало любую популяцию, образованную одним видом растений, с ее входом и выходом.
Практически самоподдерживающиеся деревни, все еще широко распространенные в Азии, Африке и Южной Америке, во многом напоминают так называемые природные системы, рассматриваемые экологами в качестве экосистем. Земли этих деревень возделываются для получения пищи, кормов для скота и топлива, которые потребляются на месте, и товарных культур. Выбор культур для возделывания определяется потребностями людей и животных в деревне, а их выращивание происходит с применением энергии, источником которой служат предыдущие урожаи. Многие из этих деревень могли бы существовать без значительных перемен и при прекращении экономических субсидий извне. Поскольку энергия и материалы, необходимые для поддержания деревни как отдельной экологической системы, определяются продуктивностью местной биомассы, деревня соответствует концептуальной аналитической модели экосистемы, созданной на основе концепции трофической динамики.
Подобно тому, как морские свинки — это не обитатели моря и не представители отряда парнокопытных, так и агроэкосистемы — это не настоящие экосистемы, но и не самодовлеющие сельскохозяйственные единицы. Во всех агроэкосистемах экономические соображения в какой-то мере влияют на структуру посевов и набор культур. При широкомасштабной монокультуре такое влияние становится определяющим, однако в деревенских экосистемах в выборе культур и структуры посева важную роль все еще играют непосредственные биологические связи производителей и потребителей.