В почве широко распространены и так называемые ультрамикроскопические формы, к которым относятся вирусы.
Это особая группа живых существ, размножающаяся в тканях живых растений или животных.
Вирусы, вызывающие гибель бактерий, называются бактериофагами. Они довольно широко распространены в почвах и способны вызывать лизис (гибель) важнейших групп почвенных микроорганизмов. По мнению большинства исследователей, почвоутомление (клеверное, люцерновое) — результат накопления активных фагов.
Численность и соотношение указанных микроорганизмов в различных почвах зависят от конкретных условий — аэрации, влажности, свойств почвы, растительности и др.
В некоторых почвах численность микроорганизмов достигает максимума не в поверхностном горизонте, а на довольно значительной глубине; это зависит от свойств почвы и толщины гумусового горизонта. Количество аэробных бактерий наиболее высоко в поверхностных слоях и снижается в более глубоких горизонтах. Известно, что бациллы, образующие споры и хорошо приспосабливающиеся к неблагоприятным условиям, в наибольшей степени распространены в нижних слоях почвы. Существенное влияние на распространенность микроорганизмов в почвенных горизонтах оказывает растительный покров. Растения с глубоко проникающей корневой системой обогащают нижележащие слои почвы органическим веществом, улучшают аэрацию и таким образом способствуют увеличению численности микроорганизмов.
На численность и состав микроорганизмов большое влияние оказывает наличие в почве органического вещества. На первом этапе минерализации органических остатков, когда субстрат богат легкоминерализующимися органическими веществами, в почве усиленно размножаются не образующие споры бактерии. На следующем этапе минерализации преобладают спорогенные бактерии. Установлено, что актиномицеты, минерализующие труднорастворимые органические вещества, развиваются тогда, когда субстрат богат ими.
По мнению Мишустина, наличие В. megaterium и В. mesentericus может служить показателем происходящих в почве интенсивных процессов минерализации, в результате которых возрастает количество легкоусвояемых азотистых соединений. Обилие в почве таких видов микроорганизмов, как В. idosus и В. cereus, обладающих способностью легко усваивать азотсодержащие вещества, свидетельствует о возможности процесса минерализации трудно растворимых органических веществ. В. mycoides используют для питания легкорастворимые минеральные формы азота, в связи с чем они встречаются в почвах с высокой степенью минерализации. Тот факт, что численность бактерий, не образующих споры, значительно превышает число спорогенных, свидетельствует о протекающих в почве процессах минерализации, т. е. о разложении органических остатков. Автором установлено, что при широком распространении В. mycoides, В. mesentericus и В. megaterium в почве идет интенсивная аммонификация.
Следовательно, почва — это благоприятная среда для развития микрофлоры, которая в ней живет, развивается и погибает. Микроорганизмы используют питательные вещества почвы и, в свою очередь, становятся их источником. Микроорганизмы осуществляют процессы, связанные с биологическим круговоротом веществ, улучшают питание растений, содействуют самоочищению почвы и т. д.
Микрофлора, развивающаяся в почве, участвует в поддержании и повышении наиболее важного свойства почвы — ее плодородия.
Широкая химизация земледелия на первое место ставит вопросы о влиянии минеральных удобрений и пестицидов на почвенную микрофлору. Особенно актуальны исследования по выявлению причин низкой эффективности азотных удобрений и роли микрофлоры в процессах нитрификации, денитрификации, биологической иммобилизации и др. При повсеместном использовании гербицидов в борьбе с болезнями и вредителями растений возникает проблема очистки почв от загрязнения остатками препаратов.
Перед почвенной микробиологией, как отмечают Пошон и де Бержак (1960), стоят такие важные задачи, как изучение численности, состава, активности и динамики развития микрофлоры в различных почвах; исследование изменений микрофлоры в процессе почэообразования; ее равновесие в почвах и изменение под влиянием антропогенных факторов; установление связи биологических процессов с плодородием почвы и т. д. Для ответа на эти вопросы необходимо проводить исследования не со стерильными культурами, изолированными от почвенной среды, а в естественных условиях, когда в процессы включены различные физиологические группы и установлены определенные взаимоотношения между ними. Это даст возможность регулировать микробиологические процессы с целью повышения почвенного плодородия, и отсюда вытекает актуальность проблемы. Повышенный интерес к почвенной микрофлоре вызван и тем обстоятельством, что многие виды микроорганизмов в процессе жизнедеятельности выделяют ростовые и антибиотические вещества, которые используются дня промышленного производства стимуляторов и антибиотиков, т. е. получаемые биологические препараты составлены на основе активных микроорганизмов. Высокоперспективным является использование азотфиксирующей активности небобовых растений. Во многих странах за счет бактериальных удобрений обеспечивается частичное или полное снабжение бобовых культур азотом. В Болгарии с успехом применяют препарат нитрагин.