В естественных насаждениях деревья кедра сибирского очень неоднородны по показателям урожая. Высокий репродуктивный полиморфизм обусловлен наследственными особенностями и условиями среды.
Деревья различаются по величине урожая кедровых орехов, его товарным признакам (размеру шишек, количеству и массе семян), началу, ритмике, энергии и продолжительности плодоношения, пыльцевой продуктивности и другим высоко генетически обусловленным показателям. Это позволяет отбирать среди них различные ценные формы: высокоурожайные, крупношишечные (многосемянные), крупносемянные, раноплодоносящие, скороспелые, с равномерным и неравномерным семеношением, а также различающиеся по энергии семеношения, срокам «цветения» макростробилов и пиления микростробилов, продолжительности репродуктивного периода, пыльцевой продуктивности, жизнеспособности пыльцы и др.
Наиболее полно проявляется генотипический потенциал вида в оптимуме его произрастания. Одним из таких районов для кедра сибирского является Горный Алтай — генетический центр происхождения данной породы. Здесь в первую очередь следует проводить отбор для плантационного ореховодства ценных особей по различным показателям урожая с учетом высокой их изменчивости.
Для каждого признака природа установила определенные пределы изменчивости. Они варьируют в зависимости от реакции генотипа на внешнее воздействие. У кедра сибирского являются наиболее стабильными и высоко индивидуально обусловленными длина, ширина шишек и семян, масса 1000 шт. семян. Количественные признаки (содержание семян в шишке, количество шишек на дереве) в большей мере зависят от факторов внешней среды, чем от генотипа.