Возникновение водохранилища на реке нарушает веками сложившиеся условия жизни и размножения рыб. В связи с этим меняется и само рыбное население.
Среди так называемых «жилых» рыб, т. е. живущих более или менее оседло, в водохранилищах, образованных на равнинных реках, исчезают типичные реофилы: елец, жерех, голавль, подуст. Это утрата впрочем мало чувствительна для рыбного хозяйства, так как перечисленные виды — объекты не массового лова. Взамен их возрастает численность леща, судака, окуня, плотвы, ерша, густеры, чехони, синца и других рыб. Среди них крупное промысловое значение приобретают прежде всего такие ценные рыбы, как лещ и судак.
Более серьезно плотины осложняют жизнь проходных рыб. Подавляющее большинство их размножается и проводит первый период своей жизни в реках. Здесь молодь этих рыб живет от нескольких месяцев до нескольких лет, а затем «скатывается» в море или озеро и остается там до наступления половозрелости. Выросшие и ставшие способными к размножению, эти рыбы вновь входят в реки, в которых они некогда выклюнулись из икры, чтобы в свою очередь дать жизнь новому поколению.
Путь к месту нереста проходных рыб нередко бывает весьма длинным и продолжительным. Нерестилища некоторых видов расположены в верховьях рек, далеко от устья. К числу наших рыб, идущих на нерест из моря в реки, относятся: обыкновенный лосось, называемый на севере семгой, близкая к нему кумжа; дальневосточные лососи — кета, горбуша, нерка и др., белорыбица, некоторые сиги; осетровые — осетр, белуга, севрюга; некоторые сельди — черноспинка, известная в торговле под названием «залом», волжская сельдь, черноморская сельдь; некоторые карповые, например, сырть или рыбец и др.
Миноги, которых, как известно, выделяют из рыб и относят к классу круглоротых, тоже идут на размножение в реки. Угорь также предпринимает нерестовые миграции, но, в противоположность вышеперечисленным видам, живя в реках, он размножается в море. Нерестовые миграции предпринимают и другие рыбы. Проводя зиму обычно в низовьях реки, в более глубоких ее участках (и по этой причине называемые иногда «ямными»), они для размножения тоже поднимаются по реке, хотя и не так далеко от мест зимовки, как проходные. После нереста они спускаются в предустьевые районы моря. Таких рыб называют полупроходными. В эту группу входят многие карповые рыбы бассейнов Черного и Каспийского морей, например, лещ, сазан, жерех, сом, судак, вобла, тарань и др.
Плотины гидроэлектростанций создают непреодолимые препятствия на пути проходных и отчасти полупроходных рыб.
Так, плотина первенца советского гидростроительства — Волховской ГЭС преградила путь сырти, а также волховскому сигу, который ранее шел на нерест из Ладожского озера по р. Волхову в оз. Ильмень, а оттуда в реки Мету, Ловать и Шелонь. Созданное препятствие резко отразилось на численности и на промысле волховского сига. Если до постройки плотины (1925 г.) ежегодно вылавливалось 325—350 тыс. штук этой рыбы, то в настоящее время ее ловят у плотины не более, чем по 500—600 штук в год.
Свирская ГЭС у Лодейного Поля в 1933 г. нарушила нерестовые миграции лосося и сигов, а кроме того, подъемом воды вызвала затопление и заболачивание самих нерестилищ. Сходным образом препятствуют ходу на нерест многим проходным рыбам и другие плотины гидростанций.
Огромнейшие по протяженности и высоте плотины величайших волжских электростанций у Куйбышева и Сталинграда, перегородив нашу великую реку и образовав обширные водохранилища, преграждают путь к местам размножения белорыбице и белуге, лишают большинства нерестилищ осетра, многих производителей севрюги и некоторых других проходных рыб.
Подобным образом сказывается на проходных и полупроходных рыбах р. Днепра вторая на этой реке плотина Каховской ГЭС.
Плотины не только преграждают проходным рыбам путь к местам нереста. Они воздействуют и на сами нерестилища. Осетры, например, откладывают икру в местах быстрого течения на каменистое или галечное дно, к которому она приклеивается.
Обширные волжские водохранилища поглощают большинство таких мест, заиливают их и выводят из строя как нерестилища.
Нарушаются водохранилищами и условия размножение проходных сельдей, в особенности сельди-черноспинки, идущей далеко вверх по р. Волге. Выметанная икра этой сельди свободно плавает и, сносимая течением, развивается в глубоких струях реки около дна. Оказавшись в водохранилище, икра и выклюнувшиеся из нее личинки неизбежно заиливались бы и погибали.
Лососи и проходные сиги откладывают икру на галечном или чистом песчаном дне реки. При подпоре рек происходит заиливание грунта, и нерестилища при таких условиях также теряют свое значение.
Проблема сохранения и увеличения рыбных запасов в условиях, созданных гидроэлектростанциями на главнейших наших реках, решается различными путями. При сооружении плотин в некоторых случаях устраиваются обходные каналы, так называемые рыбоходы. Усиливается и рационализируется заводское рыборазведение. Принимаются меры, искусственно направляющие формирование ихтиофауны в создаваемых водохранилищах и т. д.