Возбудителями протозойных заболеваний являются одноклеточные организмы, относящиеся к типу простейших — Protozoa.
Тело простейших представлено одной клеткой и состоит из цитоплазмы, одного или нескольких ядер и органелл. В цитоплазме имеется два слоя: экто- и эндоплазма.
Эктоплазма — наружный более плотный и прозрачный слой, поверхность которого иногда уплотняется, образуя тонкую пленку — пелликулу.
Эндоплазма — внутренний, более жидкий и зернистый слой, в котором помещаются ядра, различные включения и вакуоли (пищеварительные, выделительные и др.).
Прием пищи может осуществляться через пелликулу всей поверхностью тела (осмотически) или строго локализованным местом в виде бугорка, щупалец или отверстия, соответствующего ротовому (цитостом). Для передвижения служат ложноножки (псевдоподии), жгутики или реснички.
Жизненный цикл у большинства простейших прямой. Размножение бывает бесполым и половым.
Бесполое размножение осуществляется путем однократного или многократного (шизогония) деления.
При половом размножении происходит копуляция (полное слияние двух клеток и их ядер) или конъюгация (временное слияние двух особей). Затем особи разъединяются и далее каждая размножается делением. Стадия, на которой паразит питается, растет и размножается, называется вегетативной, или трофозоитом. При неблагоприятных условиях простейшие инцистируются, т. е. окружают себя плотной защитной оболочкой, или впадают в состояние анабиоза, при котором все жизненные процессы замедляются.
Простейшие могут локализоваться в различных органах и тканях рыб. Например, на поверхности тела паразитируют жгутиконосцы и инфузории, в почках, желчном пузыре и других внутренних органах — различные виды миксоспоридий, в эпителиальных клетках кишечника — кокцидии и т. д.
У рыб паразитируют представители всех 5 классов этого типа: саркодовые (Sarcodina), жгутиконосцы (Flagellata), книдоспоридии (Cnidosporidia), споровики (Sporozoa) и инфузории (Infusoria). Наибольшее эпизоотологическое значение имеют инфузории, книдоспоридии и споровики.