Рассмотренным организмам свойствен голофитный тип питания — питательные вещества поступают в клетку путем всасывания из водного раствора.
Многие сложные по составу вещества (полисахариды, белки) не могут быть использованы непосредственно и проникают через клеточную мембрану лишь после воздействия образуемых микроорганизмами экзоферментов. Обмен веществ происходит через клеточную стенку при активном участии в этом процессе цитоплазматической мембраны.
По отношению к источнику углерода микроорганизмы делятся на две группы: автотрофы из углекислоты как единственного источника углерода синтезируют необходимые углеродсодержащие соединения; гетеротрофы использую углерод сложных органических соединений. Среди гетеротрофов выделяются сапрофиты, развивающиеся на органически: соединениях мертвых тканей, и паразиты — в тканях живы: организмов.
По способу получения энергии микроорганизмы разделяют на две группы: фототрофы, источник энергии — солнечный свет; хемотрофы, источник энергии — неорганические и органические соединения. Каждая из этих групп делится на две подгруппы:
1а) фотолитотрофы осуществляют фитосинтез используя энергию света, синтезируют вещества клетки из СО2, Н2O неорганических соединений H2S, S и др. (серные пурпурные бактерии, зеленые серобактерии, синезеленые водоросли);
1б) фотоорганотрофы получают энергию не только путем фотосинтеза, но и из некоторых органических соединений (серные пурпурные бактерии);
2а) хемолитотрофы осуществляют процесс хемосинтеза, используя энергию химических реакций, выделяющуюся при окислении неорганических соединений Mn2+, Fe2+, NH3, NO2 (нитрифицирующие бактерии, железобактерии и др.);
2б) хемоорганотрофы, источник энергии — окисление или брожение органических соединений; к ним относится подав ляющее большинство почвенных микроорганизмов и обитателей других субстратов, содержащих органическое вещество. В каждой из четырех групп можно провести более узкую дифференциацию, отражающую всевозможные способы существования прокариотных микроорганизмов. Организмы, способные переходить от одного способа питания к другому, называют миксотрофами или мезотрофами.