Навоз представляет собой среду, благоприятную для сохранения и размножения аэробных и анаэробных микроорганизмов, в том числе и болезнетворных, а также яиц и личинок гельминтов. В навозе, полученном от животных, больных инфекционными болезнями, неоднократно обнаруживали возбуди гелей сибирской язвы, эмкара, туберкулеза, бруцеллеза, рожи свиней, пастереллеза, листереллеза, паратифа, мыта, ящура, чумы свиней, инфекционной анемии, а также возбудителей дерматомикозов и др. Естественно, такой навоз может служить источником распространения инфекций и инвазий среди здоровых животных.
Поэтому, чтобы предупредить это, перед внесением навоза в почву как удобрения, необходимо обеззараживать его. Согласно ветеринарному законодательству, в одних случаях навоз от больных животных обязательно сжигают (при сибирской язве, эмфизематозном карбункуле и др.), в других подвергают биотермическому обеззараживанию (при ящуре, чуме и роже свиней, паратифе, туберкулезе, бруцеллезе и т. д., а также при инвазионных болезнях).
Биотермический навоз обеззараживается на специально отведенном, огороженном участке, расположенном на 50—100 м от жилых и животноводческих помещений, водоемов и колодцев. Для площадки вырывают котлован шириной до 3 м и глубиной с боков 25 см с уклоном к середине. В середине по длине котлована устраивают желоб глубиной и шириной 50 см. Дно, бока и желоб котлована утрамбовывают слоем жирной глины толщиной 15—20 см. Перед укладкой навоза желоб укрывают жердями. На дно оборудованного котлована настилают слой соломы или сухого соломистого навоза толщиной 25—40 см. На этот слой накладывают слой зараженного навоза таким образом, чтобы между навозом и краями котлована было незаполненное пространство в 40—50 см.
Незаряженный навоз укладывают в виде пирамиды, ровными слоями и рыхло высотой до 1,5—2 м. Навоз с соломой или конским навозом в соотношении 6:1. Сухой навоз следует смочить навозной жижей из расчета до 50 л жижи на 1 м3 навоза.
Уложенный штабель навоза покрывают со всех сторон соломой, торфом или незараженным навозом слоем 10 см, а сверху — землей (песком) толщиной 10 см; зимой слой соломы, торфа или незараженного навоза увеличивают до 40 см. В результате такой укладки навоза в нем создаются благоприятные условия для развития аэробной термофильной микрофлоры. При этом температура в навозе уже через 3—4 дня поднимается до 60—70° и выше. Выдерживают таким образом навоз не менее одного месяца.