Среднее содержание бериллия в земной коре 3,8∙10-4 и увеличивается от ультраосновных 2∙10-5 к кислым 5∙10-4 и щелочным (0,007%) породам. Основная масса бериллия в магматических породах связана с плагиоклазами (где бериллий замещает кремний). Однако наибольшие его концентрации характерны для некоторых темноцветных минералов и мусковита (тысячные, реже сотые, доли процента). Если в щелочных породах бериллий почти полностью рассеивается, то при формировании кислых горных пород он может накапливаться в постмагматических продуктах — пегматитах и пневмотолито-гидротермальных телах. В кислых пегматитах образование значительных скоплений бериллия связано с процессами альбитизации и мусковитизации.
В пегматитах бериллий образует собственные минералы, но часть его (~10%) находится в изоморфной форме в породообразующих и второстепенных минералах (микроклине, альбите, кварце, слюдах и других минералах). В щелочных пегматитах бериллий устанавливается в незначительных количествах в составе редких эвдидимита, чкаловита, анальцима, лейкофана, где бериллий входит в анионную группу. Постмагматические растворы выносят бериллий из магмы в виде фторсодержащих эманаций и комплексных соединений в ассоциации с вольфрамом, оловом, молибденом и литием.
В природе известно более 30 минералов бериллия, но только часть из них широко распространена: берилл Be3Al2(Si6O18) (11—14% ВеО); хризоберилл Al2ВеO4 (19,8% ВеО); бертрандит Be4(Si2O7) (ОН)2 (39,6—42,6% ВеО); гельвин Mn8(BeSiO4)6S2 (11—14% BeO); фенакит Be2SiO4 (45,5% BeO).
Появление тех или иных бериллиевых минералов находится в прямой зависимости от состава вмещающих пород. В алюмосиликатных породах характерные бериллийсодержащие минералы берилл и в меньшей степени бертрандит, в ультраосновных берилл, менее фенакит и хризоберилл, в глиноземистых породах наряду с бериллом типичен хризоберилл и, наконец, в карбонатных породах развиты хризоберилл, фенакит, гельвин-даналит Fe3[BeSiO4]6S2.
В некоторых типах пневматолито-гидротермальных месторождений (скарны, флогопит-биотит-изумрудсодержащие жилы в ультраосновных породах) наряду с высокими концентрациями бериллия в собственных минералах значительная часть его рассеивается во вмещающих породах: в везувиановых скарнах (до 50%), в слюдах (маргарит, флогопит) (до 30—40%). Бериллий в некоторых случаях может концентрироваться в средне- и даже низкотемпературных гидротермальных месторождениях — сульфидно-полиметаллических и карботаных жилах.
Минералы бериллия (берилл, хризоберилл, фенакит и др.) весьма устойчивы в зоне выветривания, подвергаются в основном механическому разрушению и переносятся в виде мелких обломков водными потоками. Благодаря небольшой плотности этих минералов их накопления в аллювиальных россыпях не происходит. Относительно легко подвергаются химическому выветриванию минералы группы гельвин- даналита, а также некоторые щелочные бериллийсиликаты (лейкофанит — CaNa(BeSi2O6F) и др.). При разрушении гельвин-даналита бериллий выносится растворами, содержащими (SO4)2-.
По-видимому, более значительная часть бериллия поступает в поверхностные растворы из разрушающихся силикатов кислых пород, содержащих в качестве изоморфной примеси десятитысячные и тысячные доли процента бериллия. Бериллий не переносится растворами далеко от коренного источника, он активно адсорбируется дисперсными и коллоидными системами (особенно глинами, в меньшей степени бокситами, гидратами окиси железа и марганца, кремнеземом), а также углями. В настоящее время известно семь экзогенных минералов бериллия: бехойит, мораэсит, глюцин, уралолит, фейхиит, рошерит, беарсит.