Основы классификации. Современная классификация (таксономия) вирусов, созданная Международным комитетом по таксономии вирусов (МКТВ), является Международной универсальной системой, единой для всех вирусов позвоночных, беспозвоночных, растений, грибов и бактерий.
Она основана на фундаментальных свойствах вирусов, главными из которых являются признаки, характеризующие нуклеиновую кислоту, стратегию вирусного генома, а также морфологию нуклеокапсида и наличие или отсутствие липопротеидной оболочки. Все вирусы независимо от круга естественных хозяев по фундаментальным признакам занимают в классификации следующие уровни (таксоны): порядок, семейство, подсемейство, род и вид. Однако, согласно правилам МКТВ, обязательными среди них считаются таксоны: семейство, род и вид.
Основой классификации является вид вируса. Большинство видов группируются в роды, а большинство родов — в семейства. Виды, не отнесенные к роду, считаются не классифицированными внутри семейства. Роды, не отнесенные к семейству, считаются не классифицированными, или «свободными». Некоторые семейства группируются вместе в порядок. Подразделения на подсемейства проводятся только для решения сложных иерархических вопросов.
Ниже уровня вида существуют такие подразделения, как серотип, штамм, вариант, изолят. Их классификацией занимаются международные группы специалистов, которые принимают решение об отнесении того или иного изолята или группы изолятов в отдельный вид. Естественно возникающие изоляты, имеющие геном, рекомбинированный из штаммов разных видов, классифицируются как виды или подвидовые сущности. Искусственно созданные вирусы и вирусы-мутанты не включены в Международную классификацию.
Вироиды могут классифицироваться по тем же правилам, которые относятся и к вирусам.
Сателлиты, т. е. вирусы, реплицирующиеся только в присутствии вируса-помощника, и прионы не классифицируются как вирусы. Они имеют свою условную классификацию, удобную для специалистов, работающих с ними.
Характеристика таксономических уровней. Под видом понимают политетический класс вирусов, составляющих реплицирующую линию и занимающих определенную экологическую нишу. Это означает, что члены вида имеют общее происхождение (предшественника), ряд общих признаков, среди которых нет единого определяющего, что объясняет их вариабельность внутри вида и схожую биотическую среду обитания. В основе формирования вида лежат следующие критерии: феномены генетических взаимодействий; антигенные свойства; спектр естественных хозяев; клеточный тропизм; патогенность и цитопатология; пути передачи.
Род объединяет группу видов вирусов, имеющих определенные общие признаки. К ним относятся: морфология вирионов (в том числе размер, тип симметрии и число капсомеров); наличие липопротеидной оболочки; физико-химические свойства (в том числе чувствительность к растворителям, pH среды, температуре и т. д.).
Семейство объединяет группу родов, имеющих ряд наиболее постоянных общих признаков. К ним относятся: тип нуклеиновой кислоты (РНК или ДНК) и ее структура (количество цепей и их форма); стратегия вирусного генома (в том числе полярность и возможность обратной транскрипции для некоторых вирусов).
Современная классификация позволила объединить все известные вирусы (имеющие таксономический статус) в три порядка, объединяющих семейства вирусов по сходной организации генома и единой стратегии репликации, 56 семейств, 9 подсемейств, 233 рода и 1550 видов. Вирусы позвоночных входят в 28 семейств, из которых 10 ДНК-содержащие и 18 — РНК-содержащие, и в два «свободных» рода. Некоторые из этих семейств имеют в своем составе также вирусы беспозвоночных и растений.
Исходя из того, что классификация не является раз и навсегда установленной, а предполагает периодическое внесение изменений и дополнений, то помимо ранее уже выделенных семейств вирусов позвоночных (Gepadnoviridae, Flaviviridae и Bimaviridae) в последние годы появились новые: Arteriviridae, Asfaviridae, Bornaviridae, Polyomaviridae, Papillomaviridae и два «свободных» рода: Deltavirus и «Hepatitis Е-like viruses».
Некоторые вирусы обладают уникальной способностью преодолевать филогенетические барьеры и размножаться как в позвоночных, так и в беспозвоночных хозяевах (клещи, комары, москиты). Для этих вирусов членистоногие являются и естественными хозяевами, и переносчиками вирусов между позвоночными. Они составляют группу арбовирусов (вирусы позвоночных, передающихся членистоногими).
Номенклатура вирусов. При создании названия вирусов используют специальные правила номенклатуры (от лат. nomina наименование), сформулированные МКТВ. Так, название вида должно состоять из минимального количества слов, но не ограничиваться только словом «вирус» и названием вида хозяина. Обычно используют название болезни (вирус бешенства), а также места, где был выделен вирус (вирус болезни Тешена), или фамилию автора, описавшего инфекцию (вирус болезни Ауэски). В названиях допускаются цифры, сокращения, буквы и их сочетания.
Название рода, подсемейства, семейства и порядка обозначается одним латинизированным словом и имеет окончание: для рода — «virus», подсемейства — «virinae», семейства — «viridae», порядка — «virales». Для названия вироидов формальным окончанием в названии вида является слово «viroid», рода — окончание «viroid», подсемейства — «viroinae», семейства — «viroidae».