На всходах ели распространены различные заболевания, из которых наиболее опасны полегание и выпревание.
Полегание сеянцев. Вызывается различными несовершенными грибами, главным образом из рода Fusarium. Заболевание широко распространено и причиняет значительный хозяйственный ущерб.
Выпревание сеянцев. Вызывается грибами Sclerotinia graminearum Ellen. и Tiphula graminearum Gul. Наблюдается на питомниках, засоренных травянистой растительностью.