Пятнистости вызывают несовершенные грибы классов Гифомицеты и Целомицеты, относящиеся в основном к родам Septoria, Alternaria, Cercospora и Ascochyta.
Протекают они по типу аскохитозов, септориозов, антракнозов в виде различных по цвету, форме, расположению и размеру некрозов, преимущественно на листовых пластинках.
Мониторинговыми исследованиями выявлено, что массовые заболевания пятнистостями протекают в годы с повышенной влажностью. Обычно поражается 1 5-20% растений. Заболевания проявляются на третий год жизни в стадии начала цветения растений или во второй половине вегетационного периода. На таких растениях отмечается небольшая угнетенность, но они цветут и плодоносят. Основными источниками инфекции являются пораженные растительные остатки.
Фузариоз, корневые гнили. Большой вред приносят растениям корневые гнили, вызванные грибами-гифомицетами рода Fusarium (F. oxysporum, F. gibbosum). Корневые гнили встречаются ежегодно, поражая 10-44% растений. На более старовозрастных посевах количество больных растений и степень их поражения увеличивается вследствие накопления инфекции на корнях и в почве и может достигать 60%. Заболевания обнаруживаются, начиная с появления отрастающих побегов. Поражаются молодые и взрослые растения. При поражении молодых растений первые два-три листа становятся хлоротичными, быстро увядают и засыхают. При поражениях взрослых растений на стеблях появляются некрозы, распространяющиеся снизу вверх, приостанавливается рост, листья теряют тургор и желтеют, стебель искривляется, поникает и засыхает. Если степень поражения менее сильная, тогда чернеют и отмирают отдельные побеги, но на сохранившихся — соцветия бледно окрашенные, угнетенные, семянки щуплые. При сильном развитии болезни растения полностью усыхают и не дают урожая. У больных растений побеги легко отделяются от корня.
Основными источниками инфекции являются почва и растительные остатки.
Вирусные заболевания. Наиболее массовым и вредоносным заболеванием эхинацеи пурпурной в последнее время является вирусная мозаика, приносящая экономически ощутимые потери урожая на посевах 2-3-го годов вегетации. Признаки вирусных заболеваний у небольшого числа растений (5-8%) отмечали в первый год вегетации. Но значительно большее число мозаичных растений (65-70%) выявлено на участках 7-го года вегетации. Поражения болезнями отрицательно сказываются на качестве сырья, снижая содержание суммы производных оксикоричных кислот, а также полисахаридов и изобутиламидов. Симптомы ярко выражены даже в начале вегетационного периода — это светло-зеленая кольцевая мозаика на листовых пластинках всех ярусов.
Фитоплазмозы (микоплазмозы). На растениях эхинацеи пурпурной в возрасте трех лет и старше четко проявляются симптомы микоплазменных заболеваний на 47-80% растений. Для фитоплазменных болезней характерно патологическое изменение генеративных органов. Оно проявляется в позеленении цветков, израстании язычковых цветков корзинки в отдельные маленькие цветочки на удлиненных цветоножках, перерастании листочков обвертки корзинки в листоподобное образование, появлении множества соцветий с искаженным развитием — пролиферации. Другие симптомы фитоплазмозов могут быть менее специфичными: изменение окраски листьев, частичный хлороз, пожелтение половины побегов растений.