Перенос веществ в экосистемах заслуживает большого внимания.
Круговые движения химических элементов, переносимых в ту или другую сторону между организмами и окружающей средой, называются биогеохимическими циклами. «Био» относится к живым организмам, а «гео» — к скалам, почве, воздуху и воде на земной поверхности. Геохимия — наука о мертвой природе, о химическом составе земли и миграции элементов из одних частей земной коры, ее океанов, рек и т. д. в другие. Следовательно, биогеохимия — наука о круговороте веществ между живыми и мертвыми компонентами биосферы. Изображен биогеохимический цикл, наложенный на упрощенную диаграмму переноса энергии с целью показа взаимодействия этих двух процессов. Жизненно важные элементы в природе никогда или почти никогда не распределены во всех частях данной экосистемы совершенно однородно и в той же самой химической форме. Вещества скорее скапливаются в отдельных отсеках, или хранилищах, характеризующихся изменчивыми темпами обмена друг с другом. С экологической точки зрения чрезвычайно важно различать большие, слабо функционирующие небиологические скопления и небольшие, но более активные скопления, которые быстро обмениваются веществами с организмами. Объем, обозначенный «запас пищи», воспроизводит большой резервуар, а быстро и циклически передвигающийся материал изображен заштрихованным кольцом, идущим от автотрофов к гетеротрофам и обратно. Очень часто резервная часть веществ носит название недоступного, а циклическая — доступного хранилища; такое обозначение вполне приемлемо, если иметь в виду, что эти термины имеют относительный характер. Атом в резервном хранилище отнюдь не обязательно навсегда недоступен для организмов, недоступность его лишь относительна; в противоположность этому атом хранилища, входящего в цикл, доступен в любой момент. Надо помнить, что имеется постоянное медленное перемещение атомов из недоступного в доступное хранилище и обратно.