1-я стадия. Постепенное отмирание терригенных и перестройка существующих водных биоценозов в начале первого сезона.
2-я стадия. Образование временных донных биоценозов в первое лето при массовом заселении нового ареала — затопленной суши — довольно однообразной фауной хирономид; в массовом количестве она развивается в условиях первоначальной высокой обеспеченности пищей — детритом терригенного происхождения — вне зависимости от исходного состава затопленного ложа и характера бентоса, приносимого течением.
3-я стадия. Стабилизация состава бентоса, сопровождающаяся снижением его биомассы по сравнению с предыдущей стадией (спустя 3— 5 лет после создания водохранилищ). Общая биомасса бентоса может увеличиваться за счет новых форм (например, мизид) или стихийного расселения дрейссены (Волжские, Днепровские, Цимлянское, Дубоссарское водохранилища). Доля дрейссены и анадонты (беззубки) может достигать 70—90 % общей биомассы бентоса. В ряде водохранилищ на благоприятных грунтах биомасса дрейссены достигает сотен граммов на квадратный метр.
В Цимлянском, Куйбышевском и Капчагайском водохранилищах акклиматизированные мизиды и другие формы вошли в рацион промысловых рыб.
В ряде водохранилищ со временем наблюдается общее понижение биомассы бентоса (без вселенцев). Это хорошо подтверждается на примере Учинского водохранилища. Численность и биомасса донного населения (без дрейссены) за период существования этого водохранилища снизились во всех зонах, а прежде обитавшие виды хирономид заменились видами, характерными для водоемов с меньшей трофностью.
При эвтрофировании водохранилища увеличивается биомасса детритофагов — олигохет, несколько снижается доля хирономид, характер питания которых различен.
Возрастание эвтрофировании водохранилищ отрицательно сказывается на зообентосе, который, например, в Цимлянском водохранилище в 1970—1971 гг. снизился в 5—10 раз. Такое же угнетение зообентоса происходит и в Куйбышевском водохранилище.