Работы ряда исследователей, в том числе Матвеева (1929, 1932) и А. Н. Северцова (1912, 1931, 1934) показали, что гетерохронии трудно рассматривать, как ценогенезы, в геккелевском понимании этого термина, т. е. как «искажения» последовательных палингенезов.
Гетерохронии несомненно имеют известное филогенетическое значение. Если, например, гетерохрония возникает путем акцелерации, то орган развивается раньше. Это может иметь большое жизненное значение. Например, мы можем себе представить, что личинки какой-либо рыбы в изменившихся условиях стали потреблять желток раньше, чем это было у предков. Желток будет раньше использован, и, следовательно, личинка будет вынуждена раньше начать применять ротовой аппарат. Если в популяции такой рыбы появятся формы, у которых развитие ротового аппарата ускоряется (акцелерация), то это окажется полезным, так как личинка сможет в нужный момент активно питаться (Северцов, 1939). Очевидно, что такая гетерохрония повысит биотический потенциал вида и, следовательно, окажет определенное воздействие на его филогенез.
Гетеротопии также, по своему значению, выходят за пределы ценогенетических изменений. Сердце млекопитающих и птиц, например, смещено далеко назад, по сравнению с положением его у амфибий и рыб. Это смещение возникает в эмбриональном состоянии, которое воздействует и на положение органа взрослого животною.
Таким образом, гетерохронии и гетеротопии с очевидностью неравнозначны ценогенезам и должны рассматриваться, как особая группа изменений, имеющих несомненное влияние на взрослую стадию развития.