1. Внедрение устойчивых сортов. Из районированных сортов к ржавчиноустойчивым относятся Л-1120, И-9 и др. Сорта льна долгунца ВНИИЛ 11, Тверца, Л-1120, И-9 устойчивы к фузариозному увяданию, а из сортов масличного льна Кубанский 1, Кировоградский 2 и др. Сорт Светоч относительно устойчив к побурению.
2. Посев льна в пропашном севообороте; в качестве предшественника используют картофель, кукурузу, сахарную свеклу, бобовые культуры (горох, клевер).
3. Тщательная очистка и сортировка семян; при этом отделяются щуплые, недоразвитые, обычно зараженные семена, семена повилики, а также растительные остатки, на которых могут зимовать телейтоспоры ржавчины и другие паразиты.
Для очистки семян льна от повилики используют льняной триер, льняную горку и электромагнитную машину. Отходы после сортировки семян (отвейку, мякину) можно скармливать скоту только в запаренном виде; неиспользуемые отходы закапывают в землю на глубину не менее 0,5 м или сжигают. Мешкотару из-под семян, зараженных повиликой, дезинфицируют кипячением в воде.
4. Предпосевное протравливание семян; заблаговременно протравливать можно только кондиционные семена (с влажностью не выше 13%). Почти все болезни льна (за исключением ржавчины) распространяются с семенным материалом, поэтому протравливание семян льна является обязательным мероприятием. Протравливают семена сухим способом гранозаном с красителем или меркураном (1,5 кг на 1 т семян) или 80%-ным ТМТД (3 кг на 1 т), фентиурамом (3 кг на 1 т) или меркургексаном (2 кг на 1 т).
5. Известкование кислых почв (под предшествующие культуры), внесение органических и минеральных удобрений с повышенными дозами калия и фосфора; подкормка посевов борными микроудобрениями (3—6 кг на 1га), сжатые и ранние сроки посева и уборки (в фазу ранней желтой спелости), что снижает потери от ржавчины, фузариоза и других болезней; тщательная уборка льна с последующей ранней зяблевой вспашкой; обработку урожая вблизи скотных дворов и навозохранилищ во избежание заноса зараженных растительных остатков с навозом в поле производить не разрешается.
6. Опрыскивание посевов против ржавчины 90%-ной хлорокисью меди (0,3%-ной суспензией) или другими препаратами при расходе 400 л рабочей жидкости на 1 га (малообъемное опрыскивание наземной аппаратурой) или 800 л на 1 га (обычное опрыскивание). При опрыскивании самолетом используют 5—10%-ную суспензию хлорокиси меди при расходе 100 л рабочей жидкости на 1 га.
7. Карантинные мероприятия по борьбе с повиликой: уничтожение очагов растений, зараженных повиликой, с захватом вокруг очага метровой полосы незараженного льна (вытеребленный зараженный лен вместе с сорняками сжигают, почву перекапывают); проведение предуборочного обследования с целью выявления зараженных участков; с участков, сильно или сплошь зараженных повиликой, уборку урожая и его обработку производят изолированно.