После переработки лесосеменного сырья полученные семена обескрыливают (при необходимости), очищают от примесей и сортируют.
Одновременно с очисткой обычно производят сортировку семян с целью повышения их посевных качеств. Более крупные или полнозернистые семена обладают лучшими посевными качествами. Целесообразно сортировать семена по комплексу факторов. Например, фирма «Вильморен» (Франция) сортирует семена поштучно на электронной сортировочной машине, в основу программы которой положены цвет и полнозернистость. Каждое семя проходит через фотоэлемент, который пропускает лишь семена, соответствующие заложенному семени-эталону. После такой сортировки семена имеют стандартные размеры, цвет и полнозернистость.
Обескрыливание, очистку и сортировку семян часто производят одновременно на специальных машинах. Для семян сосны, ели, лиственницы и пихты наиболее часто применяют машину МОС-1, процесс обескрыливания в которой происходит в сетчатых барабанах с вращающимися щетками. При этом семена вместе с обломками крылышек проваливаются через сетку барабана в приемник, из которого поступают на очистку и сортировку. В дальнейшем семена очищают от обломков крылышек отвеиванием и сортируют на решетах и ситах. Обычно семена ясеней, кленов, ильмовых и других высевают с крылышками, однако их также можно обескрыливать на семяочистительной универсальной машине СУМ-1. Желуди дуба, орешки бука, граба и другие семена, не имеющие крылаток, очищают от мусора, используя грохот, решета, сита.
Выход чистых семян из сырья в зависимости от вида растений колеблется от 1 до 90 %.