На распределение фауны в реках, пойменных водоёмах, водохранилищах и озёрах оказывают влияние колебания уровня воды, скорость течения, количество взвешенных в воде и влекомых по дну наносов, характер дна, тепловой режим, растворённые газы, соли и органические вещества.
Колебания уровня важны в том отношении, что падение уровня приводит к осушению участков дна и в связи с этим часто к гибели организмов. Но в тех водоёмах, которые периодически сильно пересыхают или вовсе высыхают после краткого (один-два месяца) наполнения их водой, можно обнаружить фауну, способную оставаться длительное время без воды, перенося засушливый период в форме цисты, яйца, личинки или взрослого животного. Взрослое животное закапывается в ил — и этой особенностью обладают не только мелкие животные, но также некоторые моллюски и рыбы — или впадает в анабиотическое состояние. Обитатели временных водоёмов умеют давать за короткое время большое потомство: Daphnia magna уже на седьмой день своей жизни даёт своё первое потомство, а затем каждые три дня производит снова по 12—60 особей, так что за месяц от материнской дафнии и её потомков образуется до 30 млн. особей.
Повышение уровня водоёмов может соединить между собой ряд разобщённых до этого водоёмов, и они, таким образом, пополняются новыми компонентами органического мира.
Скорость течения оказывает огромное влияние на фауну рек. Течение, разумеется, действует совместно с другими факторами, но для рек его можно считать одним из основных факторов, потому что оно обусловливает величину механического давления на организмы, перенос пищи и кислорода, транспорт наносов, удаление продуктов жизнедеятельности и т. п. В стоячих водоёмах роль течения малая. По отношению к течению различаются реофилы, — организмы, живущие в родниках, ручьях, реках, прибойной зоне озёр, т. е. в водах, обладающих течением, и лимнидрофилы, или обитатели стоячих вод, среди которых обитатели более крупных стоячих водоёмов называются лимнофилами, обитатели луж тельматофилами и обитатели болот элеофилами.
Роль взвешенных и влекомых веществ в том, что от их количества зависит степень освещения дна, чем и определяется глубина распространения растительного бентоса. Во взвешенном состоянии могут переноситься питательные органические вещества, и это положительный фактор. Если же переносятся одни лишь минеральные вещества, это угнетает фауну, а местами приводит и к её исчезновению. Разнообразны и последствия аккумуляции: накопление питательных веществ благоприятствует животным, а избыточная аккумуляция органических веществ, накопление минеральных осадков и чередование намывов и размывов действуют отрицательно. Следствием изменения характера аккумуляции, когда, например, вместо ила приносится песок, может быть полная смена биоценозов. Это потому, что для каждого грунта характерна своя фауна.
Грунт или вообще субстрат вместе со скоростью течения оказывает настолько крупное влияние на структуру биоценоза, что биоценозы обычно и классифицируются по совокупности этих двух признаков. Так, реофильные организмы, в зависимости от своего отношения к характеру субстрата, могут образовать биоценозы литореофильные (обитатели твёрдого субстрата), аргиллореофильные (на глинистом субстрате), фитореофильные (обитатели растительных зарослей), псаммореофильные (обитатели песчаного дна) и пелореофильные (обитатели илистого минерального дна). В стоячих водах по аналогичному принципу выделяют биоценозы фитофилов (обитатели растительных зарослей) и педофилов (обитатели илистого дна).
Из растворённых в воде газов особенно важное значение имеет кислород: недостаток его приводит к массовой гибели организмов.
В отношении термического режима реки и стоячие водоёмы сильно отличаются. Для рек характерна гомотермия (однородность температур от поверхности до дна), обусловленная турбулентным перемешиванием воды на протяжении всего года. В стоячих же водоёмах проявляется термическая стратификация. Влияние температуры на развитие и размножение организмов, их питание и рост уже нами освещалось, и повторяться здесь нет надобности.
Реки вообще характеризуются пресной водой, небольшими глубинами, хорошей освещаемостью водной массы, если этому не препятствует мутность, и наличием отчётливого течения. Но экологическая обстановка по продольному профилю заметно меняется. В кормовом отношении богаче всего низовья рек, поэтому и фауна здесь особенно богатая, включающая много рыб и форм, живущих в иле. В среднем течении рек, где движение воды более быстрое, а грунт более грубый (песок, галька), фауна гораздо беднее, чем в низовьях: рыб гораздо меньше, планктон беднее, преобладают главным образом личинки насекомых и моллюски Anodonta и Unio. В верховьях рек условия ещё хуже в связи с быстрым течением, низкими температурами и нередким отсутствием растительности. Из рыб сюда заходят только наиболее сильные, не боящиеся быстрин (главным образом лососёвые); много форм прикрепляющихся или живущих под камнями, т. е. сопротивляющихся сносу их водой. В фауне верховьев рек господство принадлежит личинкам Trichoptera (ручейников), моллюскам рода Ancylus (чашечка) и др.
Стоячие водоёмы на суше крайне разнообразны и по форме, и по своим размерам. Если реки представляют собой преимущественно орудия выноса материи, то в озёрах эта материя преимущественно накопляется. Отсутствие течений влечёт развитие планктона. Растительность богаче, чем в реках; следовательно, запасы пищи в стоячих водоёмах велики. Самый характерный грунт — ил. На нём исключительно богатая донная фауна, и бентос по обилию не уступает планктону. Кислород распределён менее равномерно, чем в реках, так как озёрная вертикальная циркуляция менее эффективна, чем турбулентное речное перемешивание: с глубиной содержание кислорода в озёрах уменьшается. О термической стратификации как следствии отсутствия турбулентных течений мы уже упоминали. Наконец, в противоположность рекам, вода которых, за редкими исключениями, всегда пресная, озёра могут быть как пресными, так и солёными. Последние различаются и по степени солёности, и по составу растворённых в них солей. Таким образом, органический мир озёрных водоёмов по своим жизненным формам разнообразнее органического мира рек.
Так как реки и стоячие водоёмы — это наземные образования, то и в их распределении, характере и фауне проявляются вполне отчётливо черты зональности, определяемые прежде всего зональностью тепловых условий на Земле. Впрочем, зональность намечается отчасти также и по признаку солёности.
В тропических озёрах и реках, где колебания температуры в году (а равно и по вертикальному профилю водоёма) невелики, фауна очень богатая. В ней много моллюсков, много специфических форм, вроде крокодилов, бегемотов, речных дельфинов, и очень разнообразна фауна тропических рыб. Во всём СССР, по данным Л. Берга (1933 г.), водится 322 вида рыб, а в Конго их около 400 видов, в Амазонке около 750 видов и т. п.
Пресные воды холодных стран имеют низкие температуры, но колебания температур тоже незначительны. Большую часть года водоёмы покрыты льдом. Фауна бедная (в Юконе всего 14 видов рыб), причём из рыб всюду господствуют лососёвые. Животный мир отличается выносливостью к холоду: коловратки, некоторые мелкие ракообразные, моллюски и даже рыбы обладают способностью вновь оживать после замерзания.
На водоёмах умеренной зоны ледяной покров держится не более пяти месяцев в году. Температура в году заметно колеблется, и в озёрах в соответствии с этим происходит смена стратификации: летом верхние слои теплее придонных, зимой наоборот. Смена температур возбуждает вертикальную циркуляцию. Сезонные явления (сезонность планктона, цикличность поколений и т. п.) выражены очень резко.
Биоценозы рек и озёр, как и прочие биоценозы, весьма динамичны и, пожалуй, динамичнее, чем другие. Здесь имеет место не только спорадическая динамика, обусловленная стихийными процессами, или динамика сезонная, вызванная паводками, колебанием уровня, но и динамика вековая, когда, например, в водоёмы вселяется морская фауна либо река превращается в стоячий водоём, а последний в процессе саморазвития (в частном случае — зарастания или высыхания) становится участком суши. Водные организмы, заимствуя из воды кислород, углекислоту, различные соли, выделяют в воду продукты жизнедеятельности, отмирают, разлагаются после смерти — и всем этим сильно меняют среду своего обитания. Чем более замкнут биоценоз, тем быстрее он становится источником своей гибели и тем скорее сменяется другим биоценозом.