Затраты на рыбохозяйственное освоение водохранилища включают в общую смету строительства гидроузла и организации водохранилища.
Срок амортизационных отчислений от затрат на подготовку зоны затопления для промышленного рыболовства — 25 лет, промыслового самоходного флота — 20 лет.
Затраты, связанные с воспроизводством проходных и полупроходных рыб, выращиванием молоди рыб в нерестово-выростных хозяйствах, подготовкой зоны затопления для промышленного рыболовства, должны финансироваться по смете строительства гидроузла, так как в большинстве случаев это строительство наносит ущерб рыбному хозяйству.
При строительстве энергетических гидроузлов на себестоимость электроэнергии относят лишь часть затрат, составляющих прямые убытки, в частности все затраты, связанные с воспроизводством проходных и полупроходных рыб, если строительство ГЭС осуществляется в расположении нерестилищ или на путях прохода к ним рыбы, а также затраты по переносу из зоны затопления рыбопромышленных предприятий.