Перед закладкой на зимнее хранение отсортированные желуди просушивают в неотапливаемых хорошо проветриваемых продезинфицированных помещениях или под навесом слоем 10—15 см и хранят там же.
Просушивание заканчивают при прекращении отпотевания. При просушивании желуди осторожно ворошат деревянными лопатами, обитыми войлоком. На хранение желуди закладывают с наступлением устойчивых заморозков (минус 1—3°С) после проверки их качества при влажности не ниже 55—60 %, чистоте более 97 % и доброкачественности не менее 75%. Большие партии желудей хранят в траншеях, на поверхности земли в лесу, в холодильниках и желудевниках, небольшие партии можно хранить в проточной воде.
В траншеях желуди хранят на возвышенных сухих местах слоями (2—3 см), чередующимися с песком или почвой (3—5 см), а приповерхностный слой песка доводят до 30 см. Сверху над траншеей насыпают земляной холмик (до 0,5 м), перекрывающий края ее с каждой стороны на 0,5 м. Для лучшего сохранения желудей лесничий И. С. Лотоцкий предложил дно и стенки траншеи предварительно увлажнять, а слои желудей и песка при заполнении слегка смачивать водой из лейки. В зависимости от климатических условий и промерзания почвы глубина траншей может составлять 1,3—1,7 м при ширине 1 м. В траншее через каждые 2 м ставят деревянные или металлические трубки, в которые для определения температуры периодически помещают термометры. В первые 10—15 дней температура в траншее должна поддерживаться в пределах 3—10 °С, а в зимний период — от минус 2°С до 3 °С. При снижении температуры ниже допустимой траншеи утепляют соломой или листвой, покрывая сверху снегом. При повышении температуры слой почвы над траншеей уменьшают.
В районах с устойчивым снежным покровом эффективно хранение желудей под снегом. Желуди укладывают слоями 10—15 см из расчета 100 кг на 1 м2 на расчищенную площадку в защищенном от ветра месте, чередуя их со слоями уплотненного снега толщиной 20 см. В этом случае желуди закладывают на хранение при температуре не ниже минус 3°С. Верхний слой снега доводят до метровой толщины и покрывают листвой слоем не менее 30—50 см.
В центральной и западной частях зоны широколиственных лесов и северной лесостепи желуди можно хранить в лесу, приняв меры защиты от мышевидных грызунов и диких кабанов. При этом желуди слоем 5—6 см покрывают сверху таким же слоем листвы, который с наступлением морозов увеличивают до 30 см. Затем листья покрывают слоем снега толщиной до 70 см. Над хранилищем делают навес.
До весны желуди можно хранить в желудехранилищах, подвалах, складах семян, где есть возможность постоянно следить за их состоянием. В помещениях устанавливают стеллажи, на которых желуди хранят в песке в ящиках высотой 25 см или насыпью. Влажность песка должна быть около 60%, а температура — 2—5°С.
Небольшие партии желудей для весеннего посева можно хранить в проточной воде в корзинах или ящиках с отверстиями. После извлечения из воды их сразу высевают, так как в результате вымывания таннидов они быстро загнивают.
В течение 2 лет желуди можно хранить в ледниках-желудехранилищах, погребах и глубоких ямах, набитых льдом, и холодильниках при температуре— 1—2°С.